282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5077 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  100 
 
 		 365 aa  745    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  96.16 
 
 		 365 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  96.44 
 
 		 365 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  96.71 
 
 		 365 aa  724    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  61.33 
 
 		 363 aa  448  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  60.66 
 
 		 363 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  59.4 
 
 		 367 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  62.63 
 
 		 373 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  58.27 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  58.81 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  58.79 
 
 		 368 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  57.18 
 
 		 369 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  57.99 
 
 		 397 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  56.37 
 
 		 369 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  57.38 
 
 		 373 aa  408  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  57.72 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  58.36 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  61.19 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  57.38 
 
 		 373 aa  408  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  57.49 
 
 		 372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  57.03 
 
 		 369 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  54.96 
 
 		 375 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  54.96 
 
 		 375 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  54.57 
 
 		 375 aa  396  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  54.28 
 
 		 376 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  53.76 
 
 		 375 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  53.49 
 
 		 373 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  53.23 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  53.49 
 
 		 373 aa  388  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  53.24 
 
 		 369 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  28.75 
 
 		 678 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  25.28 
 
 		 476 aa  97.1  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  27.84 
 
 		 475 aa  96.7  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  26.23 
 
 		 474 aa  96.7  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  30.34 
 
 		 720 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  29.5 
 
 		 653 aa  94.4  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  29.01 
 
 		 566 aa  92.8  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  27.56 
 
 		 496 aa  92.8  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  28.75 
 
 		 711 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  26.12 
 
 		 469 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  29.01 
 
 		 566 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  29.01 
 
 		 563 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  31.58 
 
 		 726 aa  90.5  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  26.93 
 
 		 473 aa  90.5  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  29.32 
 
 		 738 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  26.68 
 
 		 924 aa  90.1  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  26.2 
 
 		 761 aa  90.1  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  26.68 
 
 		 924 aa  90.1  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  23.05 
 
 		 731 aa  89  1e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  29.05 
 
 		 744 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  25.23 
 
 		 754 aa  86.3  7e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  29.72 
 
 		 736 aa  85.9  9e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  27.92 
 
 		 907 aa  85.9  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  28.15 
 
 		 511 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.83 
 
 		 740 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  28.45 
 
 		 784 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  25.55 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  25.67 
 
 		 728 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.33 
 
 		 744 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  27.59 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  29.02 
 
 		 786 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  28.26 
 
 		 750 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  26.82 
 
 		 728 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  29.31 
 
 		 762 aa  82.8  0.000000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  25.35 
 
 		 743 aa  82.8  0.000000000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  28.33 
 
 		 726 aa  82.8  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.56 
 
 		 742 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.15 
 
 		 825 aa  82.4  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  29.95 
 
 		 725 aa  82.4  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.7 
 
 		 742 aa  82.4  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.2 
 
 		 795 aa  82.8  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  27.87 
 
 		 724 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  26.94 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  27.48 
 
 		 517 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  27.72 
 
 		 749 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  30.81 
 
 		 776 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  29.21 
 
 		 736 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  27 
 
 		 737 aa  81.3  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.87 
 
 		 746 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  25.64 
 
 		 792 aa  80.5  0.00000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  30.62 
 
 		 641 aa  80.1  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  26.72 
 
 		 741 aa  80.1  0.00000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  28.23 
 
 		 736 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  27.79 
 
 		 739 aa  79.3  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  23 
 
 		 488 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.86 
 
 		 733 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5152  AAA ATPase  27.23 
 
 		 779 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.430692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.39 
 
 		 710 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  28.61 
 
 		 732 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  28.08 
 
 		 733 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  26.36 
 
 		 511 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.4 
 
 		 728 aa  77.4  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  29.03 
 
 		 735 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  26.48 
 
 		 728 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  28.57 
 
 		 728 aa  75.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.6 
 
 		 731 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  26.28 
 
 		 740 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  28.45 
 
 		 719 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  29.58 
 
 		 740 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  25.77 
 
 		 825 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>