More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3578 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3578  inner-membrane translocator  100 
 
 		 307 aa  597  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  81.43 
 
 		 307 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  79.93 
 
 		 305 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3992  inner-membrane translocator  71.47 
 
 		 320 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180455  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  67 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  60.51 
 
 		 314 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  59.55 
 
 		 314 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  61.46 
 
 		 313 aa  359  3e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  60.19 
 
 		 314 aa  359  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  61.98 
 
 		 313 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  60.83 
 
 		 314 aa  351  8.999999999999999e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  58.1 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  57.91 
 
 		 315 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  57.78 
 
 		 315 aa  347  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  60.95 
 
 		 314 aa  343  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5334  inner-membrane translocator  62.15 
 
 		 314 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0934  inner-membrane translocator  64.01 
 
 		 314 aa  324  9e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.509235  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  42.28 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4145  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 346 aa  178  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  43.96 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  40.69 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  39.81 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  33.22 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  41.79 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  40.13 
 
 		 326 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  37.42 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.72 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  40.61 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05420  nucleoside ABC transporter membrane protein  31.28 
 
 		 394 aa  149  7e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.905807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2684  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000451986  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  38.59 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  39.66 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 445 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  32.26 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1793  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0672209  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  33 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  43.29 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  37.77 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>