More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1530 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
380 aa  775    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  78.48 
 
 
406 aa  607  9.999999999999999e-173  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.9 
 
 
400 aa  560  1e-158  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.42 
 
 
442 aa  530  1e-149  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  68.52 
 
 
388 aa  511  1e-144  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  65.79 
 
 
436 aa  505  9.999999999999999e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  65.8 
 
 
415 aa  498  1e-140  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.72 
 
 
397 aa  498  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  67.81 
 
 
392 aa  499  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.07 
 
 
392 aa  495  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.5 
 
 
419 aa  491  1e-137  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.53 
 
 
393 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.21 
 
 
398 aa  441  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  61.56 
 
 
391 aa  429  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.5 
 
 
379 aa  426  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.8 
 
 
379 aa  425  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  58.24 
 
 
373 aa  421  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  58.17 
 
 
455 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  53.1 
 
 
414 aa  403  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.82 
 
 
396 aa  402  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  59.12 
 
 
389 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.83 
 
 
394 aa  399  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  61.66 
 
 
368 aa  397  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.73 
 
 
394 aa  395  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  58.45 
 
 
377 aa  388  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  58.31 
 
 
386 aa  389  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  59.83 
 
 
370 aa  385  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.83 
 
 
384 aa  388  1e-106  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  59.83 
 
 
370 aa  385  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  59.83 
 
 
370 aa  385  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.07 
 
 
400 aa  381  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
347 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
319 aa  232  6e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.16 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.16 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.9 
 
 
332 aa  230  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.22 
 
 
322 aa  226  6e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.02 
 
 
328 aa  225  8e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.91 
 
 
320 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.08 
 
 
325 aa  218  1e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.22 
 
 
324 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 
322 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.53 
 
 
333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.8 
 
 
343 aa  216  5e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
353 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.87 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 
333 aa  212  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 
343 aa  211  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.17 
 
 
332 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.5 
 
 
319 aa  209  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.19 
 
 
332 aa  208  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
318 aa  207  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 
332 aa  206  4e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.99 
 
 
332 aa  206  5e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.68 
 
 
350 aa  206  5e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.99 
 
 
332 aa  206  6e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 
332 aa  206  6e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.99 
 
 
332 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 
332 aa  205  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.01 
 
 
321 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.01 
 
 
351 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.36 
 
 
332 aa  203  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.36 
 
 
332 aa  202  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.98 
 
 
324 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.98 
 
 
324 aa  202  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.3 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.38 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.32 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 
356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.73 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.9 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.57 
 
 
352 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.59 
 
 
327 aa  201  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.62 
 
 
324 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.53 
 
 
334 aa  199  6e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
350 aa  199  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.91 
 
 
332 aa  199  7.999999999999999e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.73 
 
 
321 aa  199  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.95 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.84 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.53 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 
327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
352 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  37.73 
 
 
344 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.56 
 
 
346 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  36.04 
 
 
338 aa  196  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
325 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 
334 aa  195  8.000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.05 
 
 
308 aa  195  9e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.36 
 
 
333 aa  195  1e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
322 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.25 
 
 
331 aa  194  2e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.3 
 
 
321 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.54 
 
 
346 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35 
 
 
328 aa  193  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
348 aa  193  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
353 aa  192  7e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>