231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2538 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 		 400 aa  825    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  85.68 
 
 		 384 aa  696    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  81.51 
 
 		 384 aa  664    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  82.29 
 
 		 397 aa  665    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  93.49 
 
 		 384 aa  745    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  81.12 
 
 		 392 aa  661    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  85.94 
 
 		 384 aa  691    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  80.73 
 
 		 384 aa  659    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.5 
 
 		 387 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  61.54 
 
 		 391 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  61.5 
 
 		 389 aa  477  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  59.47 
 
 		 390 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  55.47 
 
 		 382 aa  449  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  56.67 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  59.73 
 
 		 378 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  57.33 
 
 		 376 aa  443  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  56.81 
 
 		 399 aa  442  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  53.02 
 
 		 379 aa  415  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  52.28 
 
 		 406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  51.73 
 
 		 382 aa  403  1e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  52.82 
 
 		 408 aa  403  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  53.76 
 
 		 376 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.34 
 
 		 399 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.53 
 
 		 390 aa  393  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.47 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  49.19 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  47.64 
 
 		 385 aa  373  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  49.33 
 
 		 386 aa  371  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  47.4 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  48.94 
 
 		 380 aa  364  1e-99  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  47.26 
 
 		 379 aa  362  8e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  47.45 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  46.98 
 
 		 400 aa  346  3e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  44.33 
 
 		 382 aa  345  8e-94  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  44.33 
 
 		 382 aa  344  2e-93  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  44.06 
 
 		 382 aa  342  9e-93  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  45.12 
 
 		 387 aa  340  2e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  43.85 
 
 		 377 aa  338  9e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.28 
 
 		 390 aa  318  1e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  42.68 
 
 		 408 aa  316  4e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  40.91 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  42.06 
 
 		 365 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 		 365 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  41.8 
 
 		 365 aa  280  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  39.57 
 
 		 365 aa  279  6e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  40.05 
 
 		 389 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  40.26 
 
 		 365 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  41.44 
 
 		 368 aa  273  6e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  40.75 
 
 		 365 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  40.96 
 
 		 365 aa  272  9e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  39.9 
 
 		 365 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  40.48 
 
 		 365 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  38.42 
 
 		 379 aa  265  1e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  38.36 
 
 		 365 aa  257  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.8 
 
 		 414 aa  252  6e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  36.39 
 
 		 387 aa  250  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.15 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  35.85 
 
 		 381 aa  246  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  35.85 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  35.58 
 
 		 377 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1055 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  34.32 
 
 		 376 aa  225  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1113 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1086 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1058 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1076 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.53 
 
 		 1110 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 1134 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  37.77 
 
 		 375 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  24.1 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  22.14 
 
 		 430 aa  63.9  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  24.27 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  21.01 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  21.23 
 
 		 447 aa  61.2  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  24.72 
 
 		 878 aa  61.2  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  23.63 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  23.68 
 
 		 440 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  23.26 
 
 		 433 aa  60.1  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  23.75 
 
 		 445 aa  60.1  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  23 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 437 aa  59.7  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0160  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  21.73 
 
 		 434 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  24.48 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  23.49 
 
 		 465 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2602  diaminopimelate decarboxylase  23.49 
 
 		 465 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2548  diaminopimelate decarboxylase  23.49 
 
 		 465 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  23.45 
 
 		 435 aa  57  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2502  diaminopimelate decarboxylase  23.49 
 
 		 465 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.512966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  21.77 
 
 		 441 aa  57  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  25.44 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2590  diaminopimelate decarboxylase  23.27 
 
 		 465 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  0.439356 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  23.82 
 
 		 439 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1329  diaminopimelate decarboxylase  23.33 
 
 		 438 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1303  diaminopimelate decarboxylase  23.33 
 
 		 438 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1438  diaminopimelate decarboxylase  23.33 
 
 		 438 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  24.26 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>