147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1221 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  100 
 
 		 468 aa  969    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  55.27 
 
 		 467 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  41.54 
 
 		 480 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 480 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 481 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 480 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 483 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 488 aa  353  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.85 
 
 		 481 aa  352  7e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 482 aa  350  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 483 aa  349  7e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 477 aa  335  7.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 491 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.97 
 
 		 476 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  37.58 
 
 		 475 aa  324  2e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 470 aa  324  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 479 aa  324  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 469 aa  323  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  38.76 
 
 		 477 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 477 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 483 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 474 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  36.32 
 
 		 470 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 490 aa  312  7.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  35.7 
 
 		 472 aa  312  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 470 aa  309  5.9999999999999995e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  38.62 
 
 		 524 aa  309  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 		 474 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.19 
 
 		 466 aa  308  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  35.26 
 
 		 472 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  38.89 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  37.93 
 
 		 477 aa  303  3.0000000000000004e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 461 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 471 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  38.76 
 
 		 461 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 466 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  35.24 
 
 		 475 aa  302  9e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  37.23 
 
 		 464 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  35.82 
 
 		 475 aa  296  7e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  35.97 
 
 		 464 aa  293  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  34.9 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  34.9 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 474 aa  291  3e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  38.39 
 
 		 461 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  35.1 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 490 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  36.6 
 
 		 484 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 474 aa  283  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  34.98 
 
 		 474 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 490 aa  279  6e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  34.75 
 
 		 477 aa  279  8e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.25 
 
 		 469 aa  279  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 474 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  37.34 
 
 		 471 aa  274  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  37.05 
 
 		 461 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 486 aa  274  3e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 473 aa  269  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 464 aa  269  8.999999999999999e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  36.11 
 
 		 474 aa  268  2e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 470 aa  266  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 470 aa  266  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 476 aa  266  5.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 455 aa  266  7e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  34.96 
 
 		 470 aa  266  8e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  36.85 
 
 		 483 aa  266  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 469 aa  256  7e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 506 aa  253  4.0000000000000004e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 475 aa  253  4.0000000000000004e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 472 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 463 aa  250  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  33.83 
 
 		 469 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  34.47 
 
 		 469 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 462 aa  232  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 491 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  34.11 
 
 		 149 aa  95.1  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26 
 
 		 481 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.52 
 
 		 505 aa  77.8  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  24.11 
 
 		 478 aa  74.3  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  23.19 
 
 		 488 aa  74.3  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  25.87 
 
 		 504 aa  74.3  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  25.06 
 
 		 490 aa  72.4  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.53 
 
 		 489 aa  70.5  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  25.5 
 
 		 504 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  24.36 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.46 
 
 		 488 aa  65.5  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.15 
 
 		 428 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  23.11 
 
 		 503 aa  62.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  24.63 
 
 		 495 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  51.67 
 
 		 201 aa  59.7  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  27.05 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  22.9 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  18.52 
 
 		 491 aa  56.2  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 219 aa  55.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 431 aa  54.3  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>