More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1947 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 252 aa  512  1e-144  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  41.83 
 
 		 1278 aa  192  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  40.96 
 
 		 1355 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  40.08 
 
 		 1324 aa  179  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  35.18 
 
 		 1374 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  33.2 
 
 		 1311 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  36.21 
 
 		 1370 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  30.68 
 
 		 1388 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  32.38 
 
 		 1384 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  32.27 
 
 		 1373 aa  142  6e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.4 
 
 		 1344 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  29.26 
 
 		 993 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 934 aa  137  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  29.13 
 
 		 1366 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 940 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 1341 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  31.84 
 
 		 1355 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  29.53 
 
 		 1400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  30.92 
 
 		 1316 aa  132  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  30.99 
 
 		 1347 aa  131  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 		 677 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  31.33 
 
 		 1404 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  28.03 
 
 		 1373 aa  129  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  32.64 
 
 		 668 aa  127  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  28.69 
 
 		 1347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  29.1 
 
 		 1313 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  28.1 
 
 		 663 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  32.6 
 
 		 1343 aa  123  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  29.25 
 
 		 1397 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 262 aa  121  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  30.42 
 
 		 1327 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  29.88 
 
 		 1298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  28.51 
 
 		 1418 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  31.2 
 
 		 1335 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  30.49 
 
 		 1378 aa  118  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 904 aa  118  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  27.5 
 
 		 1334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  30.4 
 
 		 1342 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  28.23 
 
 		 1306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  30.77 
 
 		 1296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 1349 aa  111  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  28.44 
 
 		 1376 aa  111  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  26.61 
 
 		 1363 aa  108  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  27.8 
 
 		 961 aa  107  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  28.22 
 
 		 1344 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  26.72 
 
 		 1340 aa  107  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.45 
 
 		 1396 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 281 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  26.74 
 
 		 1414 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  27.53 
 
 		 1366 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  27.39 
 
 		 1374 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  24.49 
 
 		 1374 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  26.4 
 
 		 1378 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 265 aa  92.4  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 265 aa  92.4  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 271 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  26.53 
 
 		 289 aa  82  0.000000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3270  response regulator receiver protein  23.87 
 
 		 544 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.46 
 
 		 553 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  24.34 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.72 
 
 		 1514 aa  66.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.72 
 
 		 1514 aa  66.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.34 
 
 		 1426 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  30.46 
 
 		 1427 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  25.09 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  31.21 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  30 
 
 		 1180 aa  64.7  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.26 
 
 		 1559 aa  64.3  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00426  putative two-component system sensor kinase/response regulator fusion protein  22.78 
 
 		 1280 aa  64.3  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 1121 aa  63.2  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  27.97 
 
 		 456 aa  62.8  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>