More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1440 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
398 aa  822    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.13 
 
 
413 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 
445 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
415 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.67 
 
 
410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
419 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
411 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
413 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  24.13 
 
 
413 aa  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
415 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
415 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  24.51 
 
 
451 aa  103  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
417 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
414 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  24.32 
 
 
448 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
390 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.57 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.22 
 
 
391 aa  93.6  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
384 aa  92.8  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
415 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
432 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.32 
 
 
428 aa  90.9  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
415 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
378 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
415 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  23.43 
 
 
411 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  22.71 
 
 
452 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
384 aa  87.8  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.81 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
417 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  24.51 
 
 
414 aa  87.4  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  26.9 
 
 
418 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.23 
 
 
450 aa  87  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  25.81 
 
 
414 aa  87  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
382 aa  86.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.01 
 
 
387 aa  86.7  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
411 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
400 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6254  putative urea/short-chain binding protein  24.79 
 
 
369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172457  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  22.22 
 
 
450 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  24.26 
 
 
382 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.92 
 
 
400 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  21.98 
 
 
450 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  25.48 
 
 
443 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
416 aa  83.2  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  21.48 
 
 
450 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
398 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.2 
 
 
1118 aa  82.4  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
402 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
382 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
367 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  21.73 
 
 
450 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
376 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
402 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
406 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  21.23 
 
 
450 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  23.41 
 
 
397 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  26.76 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
399 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  24.6 
 
 
425 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.36 
 
 
418 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
376 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  27.47 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
421 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
377 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.5 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.53 
 
 
424 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  25.87 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
398 aa  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
412 aa  77.4  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  26.24 
 
 
420 aa  77  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25.39 
 
 
368 aa  76.6  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
402 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 
419 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
371 aa  76.6  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.86 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.21 
 
 
424 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.21 
 
 
424 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.84 
 
 
428 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
414 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  23.37 
 
 
413 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
400 aa  76.3  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.98 
 
 
421 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>