More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4006 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  669    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 320 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 320 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 320 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  32.57 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 349 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.38 
 
 		 356 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  33.87 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.01 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 327 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  30.74 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 348 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.56 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  28.75 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 331 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  28.89 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 359 aa  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 321 aa  113  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5736  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.756773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  35.18 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  27.66 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 279 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 297 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 349 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 276 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 344 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>