More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1112 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 268 aa  558  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  47.35 
 
 		 265 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  43.87 
 
 		 268 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  44.19 
 
 		 270 aa  232  5e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  42.97 
 
 		 269 aa  224  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 269 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 269 aa  178  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 270 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.96 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.08 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 261 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  32.21 
 
 		 272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  33.07 
 
 		 272 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 267 aa  151  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 269 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  33.97 
 
 		 291 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 286 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 129 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  26.72 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  30.65 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  35.87 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  38.3 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  30.77 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  22.03 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 115 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 131 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  38.46 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.95 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  30.08 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 368 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  41.03 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  36.84 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  37.89 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  33.33 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.67 
 
 		 325 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 328 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 296 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 321 aa  54.7  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  55.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  38.2 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  22.63 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>