More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0940 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  428  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  36.25 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  32.94 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  40.68 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  22.83 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  26.62 
 
 		 241 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 167 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0414  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462572  normal  0.0664832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.57 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.57 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 230 aa  52.8  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.57 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 231 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 225 aa  52.4  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.57 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  28.42 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 324 aa  52.4  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 227 aa  52  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 228 aa  52  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5813  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 243 aa  52  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.393234  hitchhiker  0.00386056 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  28.72 
 
 		 212 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  28.72 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 232 aa  52  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 213 aa  52  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 216 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 204 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 234 aa  51.6  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 213 aa  51.6  0.000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.76 
 
 		 230 aa  51.6  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 206 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 216 aa  51.6  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.72 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  26.25 
 
 		 197 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  40.98 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 260 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  40.98 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 228 aa  50.8  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2786  regulatory protein TetR  32.5 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  28.72 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  25.4 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  29 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2047  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 188 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.199455 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0257  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102981 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 205 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  28.78 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  25.19 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>