More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A0833 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  646    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  92.41 
 
 		 327 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  76.03 
 
 		 316 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  69.97 
 
 		 314 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  67.32 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  69.28 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  68.84 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 314 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 314 aa  381  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  65.25 
 
 		 316 aa  361  8e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 316 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  67.55 
 
 		 314 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  67.55 
 
 		 314 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 314 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 338 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 314 aa  348  7e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  61.37 
 
 		 337 aa  322  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 358 aa  319  5e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  53.72 
 
 		 329 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  55.4 
 
 		 331 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  59.92 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  52.14 
 
 		 317 aa  278  7e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 319 aa  275  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  47.65 
 
 		 321 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 324 aa  249  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  44.19 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 325 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  31.85 
 
 		 287 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  31.15 
 
 		 282 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  29.46 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 274 aa  93.2  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 310 aa  90.1  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 280 aa  89  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  28.39 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  25.26 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.73 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.25 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  31.35 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.45 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.82 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 266 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.14 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.33 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  24.62 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.34 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.4 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.2 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.13 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.45 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  29.55 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.64 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.99 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  28.82 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  26.37 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.69 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.86 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.69 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.69 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.28 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  31.75 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>