More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5086 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  63.69 
 
 		 508 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  62.57 
 
 		 508 aa  667    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  63.49 
 
 		 508 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  100 
 
 		 517 aa  1056    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  47.76 
 
 		 524 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 		 527 aa  488  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  46.33 
 
 		 537 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  47.31 
 
 		 521 aa  477  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 		 525 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.36 
 
 		 518 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 530 aa  206  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 511 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 		 544 aa  201  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.23 
 
 		 514 aa  192  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 530 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 530 aa  190  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 537 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 536 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 527 aa  186  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  28.76 
 
 		 537 aa  183  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 536 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 524 aa  181  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 		 525 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  29.28 
 
 		 517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.26 
 
 		 537 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 535 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  26.93 
 
 		 533 aa  170  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 533 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  27.81 
 
 		 527 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 527 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 529 aa  160  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  27.33 
 
 		 534 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 514 aa  157  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 		 514 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 530 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 523 aa  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 523 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  26.55 
 
 		 521 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.26 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 		 522 aa  141  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 529 aa  140  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 533 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 505 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.68 
 
 		 520 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 516 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 		 516 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  27.85 
 
 		 519 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  26.75 
 
 		 514 aa  131  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 494 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.72 
 
 		 502 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  25.69 
 
 		 517 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 544 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 489 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.78 
 
 		 520 aa  126  7e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.52 
 
 		 509 aa  126  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 534 aa  126  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  25.84 
 
 		 519 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  23.53 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  23.53 
 
 		 521 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.53 
 
 		 521 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  23.53 
 
 		 521 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 521 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.22 
 
 		 517 aa  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 520 aa  123  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 528 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 519 aa  120  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.48 
 
 		 517 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  26.72 
 
 		 520 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 522 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4268  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 551 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 516 aa  119  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.56 
 
 		 529 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  28.83 
 
 		 520 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 530 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 514 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 521 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 526 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  28.34 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 514 aa  117  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 		 513 aa  117  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.33 
 
 		 516 aa  116  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4328  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 551 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.310509  normal  0.0771259 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 		 513 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.15 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  25.56 
 
 		 512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.91 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  27.4 
 
 		 562 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>