More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0678 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  100 
 
 
720 aa  1432  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  58.57 
 
 
819 aa  800  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  55.87 
 
 
829 aa  761  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  1.62446e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  34.69 
 
 
745 aa  338  2e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  34.31 
 
 
681 aa  329  1e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  30.36 
 
 
751 aa  315  2e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  31.27 
 
 
780 aa  310  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  33.05 
 
 
763 aa  305  2e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  30.36 
 
 
773 aa  305  3e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 
733 aa  297  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  30.69 
 
 
774 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 
767 aa  293  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  29.96 
 
 
775 aa  275  3e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  29.37 
 
 
775 aa  274  5e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  28.49 
 
 
801 aa  263  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  28.04 
 
 
803 aa  255  2e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  46.45 
 
 
833 aa  253  1e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.06489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  30.23 
 
 
772 aa  246  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  27.8 
 
 
686 aa  204  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  37.14 
 
 
751 aa  204  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  38.98 
 
 
794 aa  199  1e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  37.33 
 
 
805 aa  195  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  27.94 
 
 
733 aa  194  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  38.44 
 
 
797 aa  191  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  38.87 
 
 
793 aa  189  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  35.59 
 
 
784 aa  179  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  35.97 
 
 
779 aa  174  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  25.11 
 
 
696 aa  171  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  7.99268e-09 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  34.2 
 
 
776 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  25.18 
 
 
711 aa  165  2e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.29 
 
 
752 aa  162  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  25.53 
 
 
793 aa  155  3e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  25.37 
 
 
747 aa  154  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  27.7 
 
 
662 aa  154  6e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  25.51 
 
 
738 aa  153  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  25.03 
 
 
789 aa  151  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  23.4 
 
 
641 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  24.58 
 
 
632 aa  150  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  23.83 
 
 
892 aa  149  2e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  24.13 
 
 
636 aa  146  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.68391e-06  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  24.49 
 
 
750 aa  143  1e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  25.07 
 
 
807 aa  142  2e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.33 
 
 
660 aa  140  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  26.42 
 
 
704 aa  140  8e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  24.22 
 
 
783 aa  139  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 
799 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 
700 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  27.47 
 
 
703 aa  138  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.9891e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  27.13 
 
 
702 aa  138  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 
700 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  25.88 
 
 
753 aa  138  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.56806e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  25.7 
 
 
704 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 
650 aa  136  1e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  25.4 
 
 
682 aa  137  1e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 
654 aa  136  1e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  25.6 
 
 
703 aa  135  2e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  30.91 
 
 
654 aa  135  2e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  24.56 
 
 
803 aa  135  2e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  23.94 
 
 
648 aa  135  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  26.4 
 
 
675 aa  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.15 
 
 
635 aa  135  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2608  general secretion pathway protein D  26.53 
 
 
842 aa  135  4e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162892  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  31.82 
 
 
724 aa  134  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  25.66 
 
 
705 aa  134  8e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  26.04 
 
 
705 aa  133  1e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  25.44 
 
 
705 aa  132  2e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  25.05 
 
 
706 aa  131  4e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  25.21 
 
 
710 aa  130  7e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  24.31 
 
 
728 aa  130  7e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  24.08 
 
 
736 aa  130  8e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  26.81 
 
 
710 aa  129  2e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  29.58 
 
 
714 aa  129  2e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.53864e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  26.13 
 
 
904 aa  129  2e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  23.4 
 
 
902 aa  129  2e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  28.97 
 
 
766 aa  129  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  30.12 
 
 
630 aa  127  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 
640 aa  128  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  33.1 
 
 
658 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 
640 aa  128  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.07036e-05  hitchhiker  1.78028e-15 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  26.27 
 
 
897 aa  127  8e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  24.48 
 
 
658 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0045  type III secretion protein SctC  30.16 
 
 
672 aa  126  2e-27  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  23.93 
 
 
783 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  23.1 
 
 
640 aa  126  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  28.51 
 
 
645 aa  124  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  26.31 
 
 
758 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  25.38 
 
 
717 aa  124  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 
686 aa  124  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 
686 aa  124  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  28.32 
 
 
660 aa  124  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.5 
 
 
686 aa  123  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.55056e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.5 
 
 
686 aa  123  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  6.64316e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  22.04 
 
 
696 aa  123  1e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  29.03 
 
 
655 aa  123  1e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
658 aa  123  1e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.5 
 
 
702 aa  123  1e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  25.6 
 
 
674 aa  122  2e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  25.6 
 
 
689 aa  123  2e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  27.19 
 
 
686 aa  120  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  25.11 
 
 
681 aa  120  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>