298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1488 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 		 854 aa  1695    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  51.05 
 
 		 767 aa  369  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  37.01 
 
 		 950 aa  358  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  46.68 
 
 		 1043 aa  347  7e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  31.03 
 
 		 589 aa  147  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  30.8 
 
 		 561 aa  137  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  28.91 
 
 		 792 aa  120  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  30.88 
 
 		 1462 aa  120  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  31.99 
 
 		 833 aa  119  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  38.97 
 
 		 369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  36.9 
 
 		 353 aa  112  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  37.5 
 
 		 354 aa  109  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  34.43 
 
 		 530 aa  108  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  37.78 
 
 		 232 aa  107  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  33.76 
 
 		 1557 aa  103  9e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  38.32 
 
 		 319 aa  101  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  35.75 
 
 		 207 aa  99.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  30.91 
 
 		 322 aa  99.4  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  35.75 
 
 		 207 aa  98.6  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  37.5 
 
 		 356 aa  98.2  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  35.43 
 
 		 398 aa  94.4  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  30.06 
 
 		 425 aa  94.4  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  39.74 
 
 		 352 aa  94.4  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  34.48 
 
 		 220 aa  93.6  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0833  hemolysin-type calcium-binding region  29.42 
 
 		 571 aa  89  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  33.68 
 
 		 351 aa  86.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  34.5 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  31.33 
 
 		 526 aa  83.6  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  31.56 
 
 		 2667 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  32.6 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  29.16 
 
 		 2775 aa  80.9  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  30.35 
 
 		 477 aa  80.5  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  31.5 
 
 		 364 aa  79.3  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  35.92 
 
 		 1503 aa  76.3  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  27.9 
 
 		 1499 aa  75.1  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.29 
 
 		 1236 aa  75.1  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  36.69 
 
 		 2885 aa  70.5  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  29.19 
 
 		 1156 aa  68.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  33.1 
 
 		 594 aa  69.3  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  33.33 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  29.6 
 
 		 3954 aa  67  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  32.55 
 
 		 1712 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  29.85 
 
 		 946 aa  66.6  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  28.91 
 
 		 556 aa  67  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  34.46 
 
 		 516 aa  65.9  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  30.46 
 
 		 475 aa  65.1  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  25.62 
 
 		 3598 aa  65.1  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0916  outer membrane autotransporter  34.42 
 
 		 1144 aa  64.7  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.753371 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  39.74 
 
 		 2807 aa  64.3  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  30.77 
 
 		 1145 aa  63.9  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.3 
 
 		 1415 aa  64.3  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  33.33 
 
 		 197 aa  63.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  32.47 
 
 		 338 aa  63.9  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  32.89 
 
 		 342 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  36.71 
 
 		 1079 aa  63.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  26.29 
 
 		 3209 aa  62.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  36.25 
 
 		 260 aa  62.4  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  30.49 
 
 		 2198 aa  62.4  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  29.88 
 
 		 2133 aa  62  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  35.1 
 
 		 469 aa  62  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  31.6 
 
 		 467 aa  61.6  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  33.57 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  29.58 
 
 		 1050 aa  61.2  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.2 
 
 		 2678 aa  61.2  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2509  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 865 aa  61.2  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  29.31 
 
 		 475 aa  60.8  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1330  outer membrane autotransporter barrel domain protein  32.08 
 
 		 1122 aa  61.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  28.79 
 
 		 2911 aa  60.5  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  33.73 
 
 		 346 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  28.84 
 
 		 1363 aa  60.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06446  hypothetical protein  27.89 
 
 		 959 aa  60.1  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  28.1 
 
 		 2954 aa  59.7  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  29.53 
 
 		 907 aa  60.1  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  31.79 
 
 		 848 aa  60.1  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  27.33 
 
 		 3026 aa  59.3  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.8 
 
 		 1180 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  29.79 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1623  hypothetical protein  27.66 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.54291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  29.93 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3160  hemolysin-type calcium-binding region  54.55 
 
 		 523 aa  57.4  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.243046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  33.57 
 
 		 418 aa  57  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0612  hemolysin-type calcium-binding region  31.91 
 
 		 12741 aa  56.2  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  26.49 
 
 		 273 aa  57  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4562  hemolysin-type calcium-binding region  33.72 
 
 		 245 aa  56.6  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.478129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  26.73 
 
 		 1279 aa  56.2  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  26.62 
 
 		 266 aa  55.8  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  32.43 
 
 		 452 aa  56.2  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  36.57 
 
 		 4798 aa  55.8  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  26.62 
 
 		 266 aa  56.2  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1877  hypothetical protein  38.64 
 
 		 1699 aa  56.2  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.070874 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1441  Ig family protein  24.94 
 
 		 2245 aa  55.8  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.195412  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  33.86 
 
 		 3619 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2577  hemolysin-type calcium-binding region  23.35 
 
 		 1383 aa  55.8  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100249  normal  0.0162919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  30.56 
 
 		 743 aa  55.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  37.5 
 
 		 424 aa  55.5  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  30.5 
 
 		 2467 aa  55.5  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  31.46 
 
 		 255 aa  55.1  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2775  hemolysin-type calcium-binding region  28.65 
 
 		 437 aa  55.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.256809  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  29.97 
 
 		 2836 aa  54.7  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  33.56 
 
 		 363 aa  54.7  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>