66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1505 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  807    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  43.23 
 
 
561 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  44.83 
 
 
833 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  31.51 
 
 
356 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  46.39 
 
 
354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  39.29 
 
 
589 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  31.96 
 
 
792 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  42.05 
 
 
387 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  48.81 
 
 
319 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  44.77 
 
 
207 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  44.19 
 
 
207 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  35.91 
 
 
1462 aa  122  9e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  35.27 
 
 
530 aa  119  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  41.07 
 
 
353 aa  120  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  33.91 
 
 
526 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  46.05 
 
 
352 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  34.78 
 
 
477 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  41.3 
 
 
369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  38.81 
 
 
220 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  42.44 
 
 
232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  37.72 
 
 
322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  35.71 
 
 
950 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  40.22 
 
 
351 aa  111  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  40.54 
 
 
425 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  34.83 
 
 
1043 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  39.11 
 
 
342 aa  104  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  34.8 
 
 
364 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  35.6 
 
 
340 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  39.2 
 
 
594 aa  99  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  36.11 
 
 
767 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  35.43 
 
 
854 aa  94.4  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  38.36 
 
 
452 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  36.73 
 
 
1503 aa  85.5  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  40.29 
 
 
516 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  40.29 
 
 
418 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  38.13 
 
 
1050 aa  84  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  35.37 
 
 
342 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  30.69 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  33.33 
 
 
743 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  35 
 
 
469 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  33.95 
 
 
493 aa  79  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  32.48 
 
 
343 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  33.33 
 
 
346 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  36.92 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  36.81 
 
 
848 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  35.46 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  37.32 
 
 
447 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  34.1 
 
 
197 aa  72  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  33.1 
 
 
465 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  34.48 
 
 
641 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  36.23 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  34.06 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  34.06 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  32.04 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  33.57 
 
 
465 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  33.09 
 
 
363 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  34.06 
 
 
273 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  34.51 
 
 
499 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  34.72 
 
 
338 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  32.87 
 
 
332 aa  57.8  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2477  hypothetical protein  36.44 
 
 
190 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.741736  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  30.71 
 
 
738 aa  53.5  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  32.12 
 
 
230 aa  50.8  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  31.29 
 
 
292 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1097  hypothetical protein  29.94 
 
 
208 aa  44.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.68714  decreased coverage  0.00547678 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  27.74 
 
 
644 aa  44.3  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>