77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2108 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  100 
 
 		 353 aa  709    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  48.01 
 
 		 364 aa  306  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  47.15 
 
 		 833 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  48.42 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  48.04 
 
 		 354 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  45.4 
 
 		 561 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  46.34 
 
 		 356 aa  156  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  43.09 
 
 		 589 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  40.72 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  43.08 
 
 		 220 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  42.58 
 
 		 792 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  41.71 
 
 		 1462 aa  146  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  42.49 
 
 		 530 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  41.67 
 
 		 232 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  42.55 
 
 		 207 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  34.92 
 
 		 369 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  42.02 
 
 		 207 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  39.7 
 
 		 1043 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  44.91 
 
 		 526 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  45.14 
 
 		 767 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  40.94 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  42.16 
 
 		 425 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  41.11 
 
 		 950 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  41.07 
 
 		 398 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  37.31 
 
 		 477 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  41.01 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  36.9 
 
 		 854 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  44.76 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  40.13 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  42.66 
 
 		 516 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  34.4 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  43.15 
 
 		 465 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  42.95 
 
 		 308 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  42.95 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  37.65 
 
 		 499 aa  93.6  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  39.07 
 
 		 465 aa  92  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  37.58 
 
 		 1503 aa  89.7  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  41.89 
 
 		 641 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  39.86 
 
 		 1050 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  37.27 
 
 		 493 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  37.84 
 
 		 292 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  31.98 
 
 		 460 aa  86.3  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  38.19 
 
 		 447 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  33.72 
 
 		 283 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  37.93 
 
 		 469 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  39.04 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  32.58 
 
 		 452 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  32.93 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  34.29 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  32.22 
 
 		 418 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  34.97 
 
 		 594 aa  80.5  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  38.19 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  31.51 
 
 		 273 aa  79.7  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  41.78 
 
 		 848 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  34.46 
 
 		 743 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  37.5 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  31.51 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  31.51 
 
 		 266 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  34.88 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  30.12 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  30.94 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  34.44 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  31.06 
 
 		 644 aa  70.5  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1025  hypothetical protein  33.57 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  29.71 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  28.08 
 
 		 212 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6097  hypothetical protein  28.77 
 
 		 156 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1518  hypothetical protein  32.14 
 
 		 202 aa  52.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal  0.167707 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1776  hypothetical protein  30.91 
 
 		 156 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1786  hypothetical protein  32.08 
 
 		 236 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.990579  normal  0.0975997 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  31.46 
 
 		 3073 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1159  hypothetical protein  37.08 
 
 		 172 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2477  hypothetical protein  31.5 
 
 		 190 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.741736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2894  DNA polymerase B exonuclease  27.78 
 
 		 1345 aa  43.5  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.182169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1348  hypothetical protein  30.63 
 
 		 156 aa  43.1  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.146573  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2997  hypothetical protein  27.7 
 
 		 365 aa  43.1  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  46 
 
 		 190 aa  42.7  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>