68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1453 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  100 
 
 		 387 aa  797    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  40.4 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  40.61 
 
 		 833 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  44.79 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  42.41 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  39.9 
 
 		 220 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  40.61 
 
 		 1462 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  44.83 
 
 		 207 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  42.49 
 
 		 356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  44.25 
 
 		 207 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  37.17 
 
 		 232 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  41.67 
 
 		 792 aa  142  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  42.05 
 
 		 398 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  36.02 
 
 		 477 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  38.46 
 
 		 340 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  44.5 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  39.53 
 
 		 561 aa  126  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  32.44 
 
 		 530 aa  125  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  36.79 
 
 		 364 aa  125  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  31.48 
 
 		 526 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  35.75 
 
 		 1043 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  38.14 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  35.84 
 
 		 322 aa  110  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  36.05 
 
 		 589 aa  109  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  34.44 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  35.08 
 
 		 767 aa  105  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  35.64 
 
 		 950 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  34.64 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  35.66 
 
 		 594 aa  95.9  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  36.54 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  36.11 
 
 		 743 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  32.16 
 
 		 452 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  31.91 
 
 		 197 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  31.51 
 
 		 346 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  33.56 
 
 		 465 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  33.54 
 
 		 1503 aa  83.6  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  31.03 
 
 		 447 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  34.25 
 
 		 1050 aa  81.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  38.19 
 
 		 848 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  32.21 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  34.25 
 
 		 516 aa  79.7  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  31.72 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  33.79 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  32 
 
 		 854 aa  77  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  30.92 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  28.57 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  29.41 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  27.71 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  32.17 
 
 		 460 aa  74.7  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  29.1 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  33.1 
 
 		 469 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  25.27 
 
 		 493 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  32.67 
 
 		 465 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  35.42 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  30.56 
 
 		 499 aa  71.6  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  30.41 
 
 		 641 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  31.97 
 
 		 738 aa  68.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  29.45 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  28.67 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  28.67 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  26.57 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  30.34 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  27.71 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2477  hypothetical protein  29.79 
 
 		 190 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.741736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2894  DNA polymerase B exonuclease  32.5 
 
 		 1345 aa  49.3  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.182169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  29.65 
 
 		 230 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2433  DNA polymerase B region  36.08 
 
 		 1773 aa  48.9  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.897381  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  31.47 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>