53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0616 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  100 
 
 		 255 aa  524  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  29.63 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  29.59 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  30.12 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  27.32 
 
 		 354 aa  72  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  29.1 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  29.63 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  25.99 
 
 		 530 aa  69.7  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  32.04 
 
 		 398 aa  66.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  26.26 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  26.7 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  28.24 
 
 		 589 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  26.06 
 
 		 526 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  28.23 
 
 		 767 aa  60.1  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  30.81 
 
 		 340 aa  59.3  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  23.56 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  28.27 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  27.51 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  27.01 
 
 		 833 aa  56.2  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  23.98 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  30.07 
 
 		 352 aa  55.5  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  31.46 
 
 		 854 aa  55.5  0.0000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  25.77 
 
 		 792 aa  54.7  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  29.93 
 
 		 425 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  27.18 
 
 		 1043 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  26.16 
 
 		 207 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  30.82 
 
 		 1503 aa  52.8  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  28.73 
 
 		 346 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  28.38 
 
 		 292 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  27.4 
 
 		 273 aa  52  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  29.12 
 
 		 342 aa  52  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  29.8 
 
 		 308 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  27.59 
 
 		 346 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  32.21 
 
 		 594 aa  50.4  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  25.84 
 
 		 342 aa  50.4  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2652  hypothetical protein  27.03 
 
 		 234 aa  50.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  28.76 
 
 		 950 aa  49.7  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  25.29 
 
 		 561 aa  48.9  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  25.81 
 
 		 351 aa  48.9  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  26.57 
 
 		 460 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  28.97 
 
 		 493 aa  46.6  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  27.56 
 
 		 363 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  26.21 
 
 		 452 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  25.34 
 
 		 469 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  26.74 
 
 		 465 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  27.93 
 
 		 343 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  25 
 
 		 1050 aa  45.4  0.0009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  25.34 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  27.34 
 
 		 283 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  25.34 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  28.99 
 
 		 641 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  29.45 
 
 		 465 aa  44.3  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  26.21 
 
 		 418 aa  43.9  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>