71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2930 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  100 
 
 
207 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  97.09 
 
 
207 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  81.12 
 
 
232 aa  328  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  55.38 
 
 
220 aa  228  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  53.55 
 
 
833 aa  214  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  45.88 
 
 
369 aa  166  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  45.65 
 
 
1462 aa  165  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  46.23 
 
 
561 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  45.93 
 
 
364 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  44.25 
 
 
387 aa  140  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  42.55 
 
 
353 aa  140  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  46.55 
 
 
589 aa  139  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  41.57 
 
 
792 aa  138  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  48.04 
 
 
356 aa  133  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  46.15 
 
 
354 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  40.12 
 
 
1043 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  40.7 
 
 
767 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  39.66 
 
 
530 aa  125  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  43.16 
 
 
425 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  44.19 
 
 
398 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  42.35 
 
 
477 aa  122  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  42.2 
 
 
322 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  43.71 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  38.83 
 
 
950 aa  111  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  38.32 
 
 
526 aa  107  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  38.1 
 
 
351 aa  105  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  39.08 
 
 
342 aa  101  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  34.3 
 
 
340 aa  100  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  43.36 
 
 
447 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  35.75 
 
 
854 aa  99.8  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  41.5 
 
 
465 aa  99  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  38.78 
 
 
1050 aa  98.2  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  39.73 
 
 
343 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  42.36 
 
 
465 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  41.26 
 
 
346 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  41.26 
 
 
346 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  40.14 
 
 
342 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  33.51 
 
 
743 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  34.38 
 
 
469 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  39.31 
 
 
418 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  39.16 
 
 
452 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  34.25 
 
 
499 aa  90.5  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  35.56 
 
 
460 aa  90.9  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  36.46 
 
 
363 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  40.54 
 
 
594 aa  88.6  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  39.07 
 
 
352 aa  87.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  35.85 
 
 
197 aa  86.7  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  39.44 
 
 
848 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  40.14 
 
 
516 aa  84  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  35.76 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  32.17 
 
 
338 aa  80.1  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  36.5 
 
 
283 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  29.94 
 
 
273 aa  79  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  32.34 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  32.34 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  32.41 
 
 
493 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  36.42 
 
 
641 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  31.76 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  31.51 
 
 
292 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  35.07 
 
 
230 aa  65.1  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  35.04 
 
 
738 aa  63.2  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  34.59 
 
 
1503 aa  62  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  27.51 
 
 
255 aa  56.2  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  45 
 
 
190 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1159  hypothetical protein  29.58 
 
 
172 aa  52.8  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  27.06 
 
 
644 aa  52.8  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  26.32 
 
 
212 aa  52  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2477  hypothetical protein  35.85 
 
 
190 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.741736  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1097  hypothetical protein  32.17 
 
 
208 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.68714  decreased coverage  0.00547678 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1518  hypothetical protein  29.2 
 
 
202 aa  46.2  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal  0.167707 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1025  hypothetical protein  27.35 
 
 
182 aa  45.1  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>