More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2109 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  37.17 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 215 aa  134  9e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  37.63 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 200 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 204 aa  128  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  35.58 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 222 aa  118  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 197 aa  115  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 224 aa  115  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 183 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 188 aa  97.8  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 211 aa  94.4  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 201 aa  88.2  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 208 aa  88.2  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 204 aa  87.8  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.4 
 
 		 207 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  27.53 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 241 aa  78.2  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 273 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  30.46 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 215 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 197 aa  72  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  28.34 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  26.96 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  30.68 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  26.06 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0516  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  24.46 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  20.32 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  22.4 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  26.07 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  23.32 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
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NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
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NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
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NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
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NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  21.81 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
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