101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1714 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1714  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 190 aa  378  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.841461  normal  0.644689 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1711  TetR family transcriptional regulator  86.36 
 
 		 177 aa  284  7e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6809  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.318139  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3334  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  28.85 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0041  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3360  transcriptional regulator, TetR family  38.75 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.372466  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6095  regulatory protein, TetR  31.91 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584059  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3905  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2346  hypothetical protein  29.41 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3299  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 204 aa  48.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4203  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0570722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 240 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  20 
 
 		 211 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5813  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 243 aa  45.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.393234  hitchhiker  0.00386056 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 233 aa  45.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 210 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 202 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 216 aa  43.9  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 212 aa  43.9  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 224 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 219 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 223 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  27.05 
 
 		 220 aa  43.5  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 190 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0725563 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  41.18 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  30.43 
 
 		 242 aa  42.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0719  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 408 aa  42.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260522 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2581  regulatory protein, TetR  43.94 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 219 aa  42.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 194 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 218 aa  42.4  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3419  transcription regulation protein  25 
 
 		 201 aa  42.4  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.909274  normal  0.462694 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 219 aa  42.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1694  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 219 aa  42.4  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0960426 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 224 aa  42.4  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  20.33 
 
 		 212 aa  42.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.96 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  40.48 
 
 		 202 aa  42.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 227 aa  42.4  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4086  putative transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 237 aa  42.4  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 214 aa  42  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 446 aa  42  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 214 aa  42  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  22.5 
 
 		 203 aa  42  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2188  transcriptional regulator, TetR family  24.66 
 
 		 194 aa  42  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.106219  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 203 aa  42.4  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 265 aa  42  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 231 aa  42  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1502  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 195 aa  41.6  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385487  normal  0.318035 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 		 213 aa  41.6  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 198 aa  41.6  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2516  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 204 aa  41.6  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  47.5 
 
 		 197 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 256 aa  41.2  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0369  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 204 aa  41.2  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 223 aa  41.6  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 223 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  28.46 
 
 		 219 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 190 aa  41.2  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 202 aa  41.2  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2776  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.832438  hitchhiker  0.000578318 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 236 aa  41.2  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 207 aa  41.2  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 212 aa  41.2  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 201 aa  41.2  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 203 aa  41.2  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 185 aa  41.2  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 242 aa  41.2  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2592  regulatory protein TetR  37.5 
 
 		 234 aa  41.2  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.28583  normal  0.135199 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  20 
 
 		 211 aa  41.2  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2557  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 232 aa  41.2  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>