More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1149 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 456 aa  904    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  60.57 
 
 		 472 aa  548  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  50.11 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  49.34 
 
 		 452 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  50.34 
 
 		 456 aa  398  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  48.07 
 
 		 461 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.64 
 
 		 488 aa  350  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.64 
 
 		 497 aa  350  3e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.35 
 
 		 480 aa  349  5e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.95 
 
 		 488 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.79 
 
 		 478 aa  346  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.85 
 
 		 489 aa  344  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.1 
 
 		 518 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  43.27 
 
 		 460 aa  336  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.03 
 
 		 463 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.47 
 
 		 522 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.89 
 
 		 463 aa  322  6e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.47 
 
 		 464 aa  322  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  41.58 
 
 		 469 aa  322  8e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.01 
 
 		 463 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.31 
 
 		 487 aa  316  7e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.67 
 
 		 472 aa  315  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  40.45 
 
 		 461 aa  312  6.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  40.54 
 
 		 490 aa  311  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.91 
 
 		 472 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.56 
 
 		 553 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.53 
 
 		 483 aa  301  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  39 
 
 		 472 aa  299  9e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  39.82 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.36 
 
 		 464 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.28 
 
 		 538 aa  270  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.05 
 
 		 428 aa  249  7e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.55 
 
 		 497 aa  233  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.18 
 
 		 494 aa  219  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.49 
 
 		 405 aa  219  8.999999999999998e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.66 
 
 		 497 aa  212  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  34.99 
 
 		 456 aa  209  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.53 
 
 		 462 aa  205  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.32 
 
 		 497 aa  203  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.24 
 
 		 485 aa  203  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 		 517 aa  199  7e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  36.04 
 
 		 466 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.82 
 
 		 466 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.46 
 
 		 462 aa  186  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.16 
 
 		 465 aa  183  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.08 
 
 		 477 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.24 
 
 		 562 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.66 
 
 		 473 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.52 
 
 		 492 aa  157  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.43 
 
 		 460 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.38 
 
 		 449 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  26.07 
 
 		 469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  26.68 
 
 		 469 aa  140  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.57 
 
 		 471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.23 
 
 		 471 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.23 
 
 		 471 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  25.67 
 
 		 440 aa  133  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.34 
 
 		 472 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.4 
 
 		 471 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.56 
 
 		 472 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.12 
 
 		 473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.93 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.12 
 
 		 473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.93 
 
 		 444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.12 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.89 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.38 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.67 
 
 		 501 aa  131  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  25.18 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.66 
 
 		 446 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.54 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.18 
 
 		 436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  25.25 
 
 		 445 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.49 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  24.48 
 
 		 423 aa  128  3e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.66 
 
 		 442 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.9 
 
 		 609 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.83 
 
 		 475 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  24.15 
 
 		 437 aa  126  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  25.31 
 
 		 423 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  25.12 
 
 		 436 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.43 
 
 		 607 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.87 
 
 		 471 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.71 
 
 		 658 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.48 
 
 		 636 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.87 
 
 		 538 aa  121  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.69 
 
 		 466 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.64 
 
 		 633 aa  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  23.71 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.69 
 
 		 452 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.46 
 
 		 452 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.67 
 
 		 479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.23 
 
 		 478 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.42 
 
 		 452 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.76 
 
 		 445 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  28.16 
 
 		 479 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.34 
 
 		 484 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.53 
 
 		 477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.83 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>