More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3580 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 666 aa  1345    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  41.41 
 
 		 655 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  39.71 
 
 		 673 aa  435  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  38.38 
 
 		 697 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  38.08 
 
 		 670 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  37.09 
 
 		 681 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  38.82 
 
 		 645 aa  399  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  36.62 
 
 		 662 aa  395  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  35.88 
 
 		 710 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  37.34 
 
 		 689 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  37.91 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  37.54 
 
 		 658 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  36.62 
 
 		 686 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  36.62 
 
 		 686 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  36.21 
 
 		 675 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  36.62 
 
 		 686 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  36.27 
 
 		 672 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  36.46 
 
 		 686 aa  381  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  35.99 
 
 		 686 aa  382  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  34.67 
 
 		 705 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  35.7 
 
 		 704 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 700 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 700 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  34.97 
 
 		 724 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  34.63 
 
 		 707 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  35.25 
 
 		 705 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  34.86 
 
 		 706 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  38.68 
 
 		 725 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  35.11 
 
 		 702 aa  375  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  35.44 
 
 		 703 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  34.58 
 
 		 704 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  38.03 
 
 		 748 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  35.04 
 
 		 705 aa  371  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  34.92 
 
 		 703 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  37.06 
 
 		 758 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.65 
 
 		 703 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  34.7 
 
 		 658 aa  369  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  37.48 
 
 		 776 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  34.95 
 
 		 714 aa  365  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  36.28 
 
 		 649 aa  362  9e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  37.4 
 
 		 634 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  36.14 
 
 		 674 aa  361  2e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  35.64 
 
 		 710 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  35.78 
 
 		 655 aa  356  5.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  35.58 
 
 		 654 aa  353  4e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  33.8 
 
 		 738 aa  354  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  35.58 
 
 		 654 aa  352  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  35.43 
 
 		 650 aa  350  4e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  36.4 
 
 		 793 aa  340  5e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  34.82 
 
 		 640 aa  340  7e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  34.19 
 
 		 803 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  32.92 
 
 		 787 aa  338  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  34.36 
 
 		 717 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  35.32 
 
 		 640 aa  337  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  33.81 
 
 		 807 aa  334  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  37.34 
 
 		 650 aa  330  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  33.13 
 
 		 682 aa  327  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  32.66 
 
 		 783 aa  324  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 		 740 aa  318  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  32.55 
 
 		 702 aa  318  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  31.84 
 
 		 789 aa  317  4e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  32.6 
 
 		 728 aa  316  8e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  32.67 
 
 		 750 aa  314  3.9999999999999997e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  32.39 
 
 		 736 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  31.52 
 
 		 774 aa  310  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  35.24 
 
 		 641 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  32.06 
 
 		 753 aa  305  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 650 aa  305  1.0000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.92 
 
 		 747 aa  304  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  32.13 
 
 		 660 aa  304  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  32.49 
 
 		 640 aa  300  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 		 640 aa  298  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  34.33 
 
 		 635 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 		 640 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  33.11 
 
 		 636 aa  292  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  32.15 
 
 		 732 aa  284  3.0000000000000004e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  30.83 
 
 		 648 aa  280  6e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  34 
 
 		 630 aa  279  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.89 
 
 		 632 aa  278  3e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.52 
 
 		 799 aa  276  7e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.51 
 
 		 748 aa  271  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  38.91 
 
 		 584 aa  241  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  38.91 
 
 		 584 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  40.46 
 
 		 805 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.89 
 
 		 696 aa  228  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  38.44 
 
 		 803 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  39.17 
 
 		 803 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  38.69 
 
 		 584 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 		 744 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 757 aa  216  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  40.12 
 
 		 771 aa  216  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  40.12 
 
 		 777 aa  216  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 750 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  37.98 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 		 757 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  39.4 
 
 		 781 aa  212  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  38.1 
 
 		 787 aa  212  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>