More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3025 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 390 aa  806    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  60.05 
 
 		 390 aa  466  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  40.66 
 
 		 404 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 385 aa  229  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 392 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 389 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 377 aa  152  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  27.32 
 
 		 379 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 379 aa  140  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  27.83 
 
 		 379 aa  117  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  23.93 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  46.94 
 
 		 106 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  25.83 
 
 		 406 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.24 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.36 
 
 		 398 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 285 aa  93.6  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 399 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 375 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 390 aa  90.1  6e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 383 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.5 
 
 		 389 aa  89  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  25.89 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 		 381 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 399 aa  87.4  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 422 aa  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 363 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.71 
 
 		 394 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  21.56 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 349 aa  69.7  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 358 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 492 aa  67.8  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 331 aa  67  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  31.25 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 513 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  29.91 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 760 aa  63.5  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  36.46 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  37.93 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  28.98 
 
 		 497 aa  62.4  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 247 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 1201 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  26.48 
 
 		 745 aa  60.1  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  26.48 
 
 		 745 aa  60.1  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 271 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 533 aa  59.3  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 266 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 185 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  32.97 
 
 		 296 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 411 aa  57  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 233 aa  57  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  34.48 
 
 		 300 aa  57  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>