147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0045 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  100 
 
 		 369 aa  768    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  58.72 
 
 		 400 aa  276  5e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  57.71 
 
 		 398 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  39.94 
 
 		 401 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  44.1 
 
 		 391 aa  187  3e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  43.65 
 
 		 391 aa  183  5.0000000000000004e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  41.79 
 
 		 403 aa  178  1e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  39.06 
 
 		 391 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  43.46 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  43.09 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  39.06 
 
 		 380 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  41.36 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  40.53 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  38.02 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  39.79 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  41.27 
 
 		 381 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  39.18 
 
 		 373 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  38.66 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  37.5 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  36.6 
 
 		 378 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  38.1 
 
 		 397 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  35.26 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  38.95 
 
 		 453 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  35.75 
 
 		 450 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  34.44 
 
 		 484 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  34.3 
 
 		 492 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  36.17 
 
 		 400 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  27.25 
 
 		 409 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  34.57 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  31.77 
 
 		 445 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  26.76 
 
 		 410 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  35 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  34.55 
 
 		 414 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  31.15 
 
 		 406 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  34.52 
 
 		 402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  30.53 
 
 		 445 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  35.03 
 
 		 410 aa  109  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  34.52 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  31.79 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  30.93 
 
 		 432 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  28.51 
 
 		 407 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  28.51 
 
 		 407 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  28.95 
 
 		 407 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  26.43 
 
 		 444 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  28.88 
 
 		 363 aa  90.9  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  28.88 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  27.72 
 
 		 459 aa  86.7  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  27.68 
 
 		 431 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  25.4 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  26.09 
 
 		 459 aa  84.3  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  29.53 
 
 		 445 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  26.06 
 
 		 437 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  26.6 
 
 		 430 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  26.04 
 
 		 439 aa  80.9  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  30.68 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  26.18 
 
 		 437 aa  79.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  28.65 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  25.54 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  24.32 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  28.57 
 
 		 467 aa  75.1  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  21.39 
 
 		 465 aa  75.1  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  24.34 
 
 		 483 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  29.07 
 
 		 426 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  28.41 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  25.51 
 
 		 466 aa  73.9  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  28.98 
 
 		 423 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  31.18 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  25 
 
 		 490 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  26.82 
 
 		 411 aa  72  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  27.84 
 
 		 427 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  30.51 
 
 		 378 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  26.97 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  28.49 
 
 		 425 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  26.26 
 
 		 396 aa  70.5  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  28.49 
 
 		 425 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  25.54 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  27.53 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  25.84 
 
 		 418 aa  70.5  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  26.26 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  28.89 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  25.97 
 
 		 373 aa  69.7  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  26.09 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  27.84 
 
 		 424 aa  69.7  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  34.11 
 
 		 418 aa  69.7  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  25.36 
 
 		 398 aa  69.3  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  28.41 
 
 		 423 aa  69.3  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  28.41 
 
 		 422 aa  69.3  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  27.84 
 
 		 422 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  26.11 
 
 		 393 aa  68.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  28.41 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  27.27 
 
 		 420 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  26.82 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  29.07 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  26.14 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  28.41 
 
 		 424 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  25.84 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  26.84 
 
 		 388 aa  67.8  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  24.58 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  24.31 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  24.73 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>