147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3982 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  90.63 
 
 		 459 aa  710    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  97.6 
 
 		 459 aa  804    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 459 aa  892    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  43.48 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.15 
 
 		 445 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  40.64 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  40.54 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  39.46 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  38.42 
 
 		 444 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  37.43 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  30.61 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  29.46 
 
 		 378 aa  126  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  30.97 
 
 		 447 aa  124  4e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  29.8 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  34.57 
 
 		 372 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  37.23 
 
 		 391 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  32.54 
 
 		 445 aa  119  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  32.5 
 
 		 373 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  36.84 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  31.02 
 
 		 405 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  35.33 
 
 		 439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  45.71 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  36.87 
 
 		 445 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  31.33 
 
 		 390 aa  113  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  34.5 
 
 		 437 aa  113  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  34.06 
 
 		 421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  34.81 
 
 		 437 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  30.16 
 
 		 380 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  30.32 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  34.08 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  30.32 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  33.52 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  30 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  31.46 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  32.45 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  34.76 
 
 		 409 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  32.51 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  35.16 
 
 		 472 aa  107  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  34.03 
 
 		 418 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  30.62 
 
 		 388 aa  106  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  35.16 
 
 		 473 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  34.52 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  35.16 
 
 		 473 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  30.96 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  34.83 
 
 		 426 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  33.33 
 
 		 466 aa  104  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  33.69 
 
 		 410 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  35.03 
 
 		 431 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  29.41 
 
 		 391 aa  104  4e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  35.45 
 
 		 484 aa  103  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  35.47 
 
 		 395 aa  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  34.85 
 
 		 417 aa  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  36.13 
 
 		 402 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  34.52 
 
 		 400 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  33.5 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  34.81 
 
 		 483 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  26.18 
 
 		 465 aa  101  4e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  35.29 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  34.9 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  34.46 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  32 
 
 		 433 aa  100  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  33.89 
 
 		 381 aa  100  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  31.84 
 
 		 450 aa  99.8  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  35.6 
 
 		 402 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  32.12 
 
 		 399 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  30.21 
 
 		 397 aa  98.2  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  35.6 
 
 		 415 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  34.9 
 
 		 401 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  32.62 
 
 		 388 aa  97.4  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  32.6 
 
 		 410 aa  97.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  32.46 
 
 		 400 aa  96.7  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  31.87 
 
 		 445 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  32.16 
 
 		 399 aa  96.3  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 407 aa  96.3  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  33.64 
 
 		 428 aa  95.9  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  29.08 
 
 		 459 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  34.03 
 
 		 391 aa  95.1  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  33.33 
 
 		 407 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 407 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  34.81 
 
 		 373 aa  94.4  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  30.57 
 
 		 432 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  34.03 
 
 		 375 aa  94.4  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  31.03 
 
 		 400 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  34.44 
 
 		 490 aa  94  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 492 aa  94  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  32.66 
 
 		 411 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  33.85 
 
 		 401 aa  93.6  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  33.87 
 
 		 427 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  32.79 
 
 		 446 aa  92.8  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  32.96 
 
 		 428 aa  92.8  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  32.26 
 
 		 425 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  35.23 
 
 		 430 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  33.87 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  32.96 
 
 		 439 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  29.92 
 
 		 394 aa  92  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  29.92 
 
 		 394 aa  92  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  29.31 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  32.26 
 
 		 422 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  32.37 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  30.18 
 
 		 378 aa  91.3  3e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>