147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5002 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 405 aa  813    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  41.27 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  41.27 
 
 		 390 aa  239  9e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  45.55 
 
 		 386 aa  234  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  48.86 
 
 		 381 aa  230  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  36.99 
 
 		 372 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  44.68 
 
 		 396 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  43.1 
 
 		 391 aa  202  6e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  42.44 
 
 		 380 aa  202  7e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  41.42 
 
 		 378 aa  202  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  50 
 
 		 380 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  40.15 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  40.07 
 
 		 373 aa  195  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  41.83 
 
 		 450 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  43.59 
 
 		 445 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  42.86 
 
 		 400 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  38.46 
 
 		 408 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  41 
 
 		 410 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  41.84 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  41.97 
 
 		 407 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  41.97 
 
 		 407 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  41.45 
 
 		 407 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  38.43 
 
 		 409 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  40.38 
 
 		 492 aa  153  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  38.39 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  40.59 
 
 		 484 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  41.8 
 
 		 391 aa  151  2e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  38.78 
 
 		 391 aa  149  7e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  39.53 
 
 		 402 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  39.79 
 
 		 369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  39.9 
 
 		 406 aa  146  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  38 
 
 		 432 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  34.98 
 
 		 403 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  39.68 
 
 		 403 aa  145  2e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  36.27 
 
 		 410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  35.89 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  42.25 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  35.44 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.65 
 
 		 445 aa  132  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  32.58 
 
 		 363 aa  130  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  32.56 
 
 		 380 aa  130  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  33.82 
 
 		 444 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  31.84 
 
 		 363 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  36.5 
 
 		 417 aa  116  6.9999999999999995e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  30.48 
 
 		 459 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  31.02 
 
 		 459 aa  113  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  35.24 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  30.48 
 
 		 459 aa  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  34.08 
 
 		 431 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 446 aa  99.8  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  28.8 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  32.62 
 
 		 422 aa  96.7  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  30.93 
 
 		 410 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  25.66 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  32.67 
 
 		 486 aa  94.7  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  32.32 
 
 		 400 aa  94.7  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  30.28 
 
 		 439 aa  94.7  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  32.84 
 
 		 401 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  26.82 
 
 		 459 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  29.5 
 
 		 473 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  26.06 
 
 		 447 aa  91.3  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  31.82 
 
 		 411 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  29.5 
 
 		 473 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  31.05 
 
 		 399 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  29.5 
 
 		 472 aa  91.3  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  29.08 
 
 		 466 aa  90.5  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  28.34 
 
 		 414 aa  90.1  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  27.01 
 
 		 394 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  27.01 
 
 		 394 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  28.8 
 
 		 430 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  27.57 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  30.85 
 
 		 335 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  29.79 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  28.98 
 
 		 490 aa  87.4  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  32.14 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  29.79 
 
 		 401 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  31.79 
 
 		 378 aa  87  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  32.43 
 
 		 421 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  30.3 
 
 		 433 aa  86.3  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  30.43 
 
 		 402 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  30.43 
 
 		 402 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  30.32 
 
 		 400 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  28.86 
 
 		 437 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  29.26 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  31.15 
 
 		 418 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  31.05 
 
 		 399 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  29.47 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  29.89 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  28.42 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  31.41 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  31.69 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  30.16 
 
 		 373 aa  84  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  29.53 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  28.27 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  32.31 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  33.08 
 
 		 467 aa  82.4  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  28.88 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  27.37 
 
 		 437 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  32.47 
 
 		 486 aa  82.4  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  28.3 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>