147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1485 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 402 aa  796    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  65.48 
 
 		 402 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  63.01 
 
 		 402 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  64.39 
 
 		 421 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  62.59 
 
 		 418 aa  451  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  62.72 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  63.12 
 
 		 400 aa  450  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  62.99 
 
 		 401 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  61.08 
 
 		 400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  61.06 
 
 		 414 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  60.2 
 
 		 399 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  61.66 
 
 		 394 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  61.66 
 
 		 394 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  60.49 
 
 		 411 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  60.53 
 
 		 396 aa  433  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  58.56 
 
 		 401 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  60.78 
 
 		 399 aa  425  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  59.6 
 
 		 415 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  60 
 
 		 383 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  57.79 
 
 		 388 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  56.78 
 
 		 391 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  59.1 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  57.95 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  56.22 
 
 		 405 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  56.14 
 
 		 388 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  56.74 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  55.91 
 
 		 373 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  58.81 
 
 		 335 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  53.2 
 
 		 386 aa  341  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  49.87 
 
 		 430 aa  334  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  46.27 
 
 		 424 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  46.49 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  46.38 
 
 		 423 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  46.62 
 
 		 422 aa  298  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  45.72 
 
 		 420 aa  298  9e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  45.11 
 
 		 425 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  46.79 
 
 		 427 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  45.56 
 
 		 426 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  47.59 
 
 		 393 aa  290  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  45.52 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  45.71 
 
 		 425 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  45.89 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  44.93 
 
 		 423 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  46.52 
 
 		 427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  42.76 
 
 		 423 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  44.79 
 
 		 427 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  45.97 
 
 		 397 aa  281  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  46.21 
 
 		 439 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  64.73 
 
 		 398 aa  272  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  42.5 
 
 		 384 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  45.13 
 
 		 399 aa  259  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  44.17 
 
 		 412 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  43.08 
 
 		 395 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  53.95 
 
 		 431 aa  239  5e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  42.82 
 
 		 379 aa  232  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  38.89 
 
 		 428 aa  204  3e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  33.57 
 
 		 410 aa  194  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  51.74 
 
 		 418 aa  190  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  41.85 
 
 		 431 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  39.03 
 
 		 426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  51.81 
 
 		 408 aa  183  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  41.44 
 
 		 433 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  44.09 
 
 		 428 aa  180  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  40.37 
 
 		 445 aa  174  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  40.89 
 
 		 430 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  40.44 
 
 		 437 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  40 
 
 		 437 aa  170  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  42.7 
 
 		 439 aa  166  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  44.04 
 
 		 473 aa  163  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  44.04 
 
 		 473 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  42.33 
 
 		 472 aa  161  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  41.29 
 
 		 459 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  40.37 
 
 		 490 aa  160  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  37.89 
 
 		 465 aa  155  1e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  38.78 
 
 		 466 aa  152  1e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  35.21 
 
 		 467 aa  147  3e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  43.68 
 
 		 190 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  35.9 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  35.9 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  34.74 
 
 		 446 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  37.23 
 
 		 422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  35.05 
 
 		 414 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  39.06 
 
 		 486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  39.58 
 
 		 469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  37.31 
 
 		 483 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  35.59 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  32.64 
 
 		 444 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  34.92 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  34.38 
 
 		 406 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  37.04 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  32.54 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  34.43 
 
 		 445 aa  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  32.46 
 
 		 447 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  32.46 
 
 		 447 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  31.19 
 
 		 440 aa  99.4  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  33.68 
 
 		 425 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  32.71 
 
 		 444 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  29.71 
 
 		 363 aa  96.7  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  31.72 
 
 		 432 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  29.61 
 
 		 457 aa  94.7  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>