139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5007 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 447 aa  901    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  97.76 
 
 		 447 aa  829    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  43.78 
 
 		 414 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  43.09 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  43.09 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  32.46 
 
 		 422 aa  140  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  37.56 
 
 		 473 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  37.56 
 
 		 473 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  37.09 
 
 		 472 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6569  conjugation TrbI family protein  42.13 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  37.62 
 
 		 483 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  31.84 
 
 		 440 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  37.89 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  31.29 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  32.82 
 
 		 431 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  34.33 
 
 		 437 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  36.92 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  35.57 
 
 		 392 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  32.67 
 
 		 445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 439 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5547  conjugation TrbI family protein  39.89 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0167146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  35.57 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  35.94 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  34.47 
 
 		 444 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  35.35 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  35.57 
 
 		 427 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  33.2 
 
 		 426 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  35.05 
 
 		 424 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  34.54 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  34.36 
 
 		 433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  29.05 
 
 		 446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  32.47 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  35.05 
 
 		 424 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  26.14 
 
 		 428 aa  110  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  26.44 
 
 		 423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 423 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  34.52 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  34.57 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  34.34 
 
 		 427 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  31.08 
 
 		 388 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  34.54 
 
 		 427 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  32.86 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  34.21 
 
 		 422 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  34.54 
 
 		 425 aa  106  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 423 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  32.49 
 
 		 400 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  32.83 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  30.27 
 
 		 432 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  31.8 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 439 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  34.43 
 
 		 335 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  31.25 
 
 		 437 aa  104  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  30.65 
 
 		 490 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  31.44 
 
 		 397 aa  103  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  32.47 
 
 		 412 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  32.69 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  34.2 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  34.21 
 
 		 402 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  35.8 
 
 		 190 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  33.16 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  30.33 
 
 		 373 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  32.46 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  33.71 
 
 		 396 aa  101  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  29.63 
 
 		 414 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 		 421 aa  100  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  27.24 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  32.85 
 
 		 395 aa  99.4  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  34.01 
 
 		 415 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  31.9 
 
 		 375 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  29.46 
 
 		 383 aa  97.4  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  29.59 
 
 		 408 aa  97.1  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  28.65 
 
 		 425 aa  96.3  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  32.12 
 
 		 399 aa  96.7  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  31.63 
 
 		 431 aa  94.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 		 401 aa  94.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  42.02 
 
 		 379 aa  93.2  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  30.46 
 
 		 401 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  31.5 
 
 		 399 aa  92.8  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  29.29 
 
 		 428 aa  91.3  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  28.35 
 
 		 393 aa  91.3  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  31.28 
 
 		 399 aa  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  29.78 
 
 		 394 aa  90.5  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  29.78 
 
 		 394 aa  90.5  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  31.05 
 
 		 384 aa  90.5  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  30.61 
 
 		 411 aa  88.2  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  31.75 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  33.5 
 
 		 418 aa  87.8  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  34.11 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  29.65 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  28.49 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  28.92 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  32.08 
 
 		 381 aa  81.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  27.87 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  27.92 
 
 		 465 aa  79.3  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  27.98 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  28.12 
 
 		 486 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  28.49 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  28.43 
 
 		 467 aa  77  0.0000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  29.03 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>