149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2605 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  100 
 
 
430 aa  845    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  64.77 
 
 
405 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  61.48 
 
 
393 aa  412  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  54.68 
 
 
401 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  55.5 
 
 
411 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  54.45 
 
 
396 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  56.12 
 
 
399 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  54.92 
 
 
401 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  53.09 
 
 
394 aa  375  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  53.09 
 
 
394 aa  375  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  56.84 
 
 
375 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  56.1 
 
 
398 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  50.85 
 
 
418 aa  362  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  53.51 
 
 
388 aa  360  4e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  50.97 
 
 
421 aa  358  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  53.42 
 
 
399 aa  358  9e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  53.02 
 
 
383 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  52.81 
 
 
414 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  53.83 
 
 
373 aa  355  7.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  48.4 
 
 
402 aa  352  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  51.57 
 
 
391 aa  348  9e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  49.1 
 
 
402 aa  345  8.999999999999999e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  50.99 
 
 
400 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  51.32 
 
 
388 aa  343  4e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  51.35 
 
 
402 aa  342  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  52.67 
 
 
415 aa  337  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  48.5 
 
 
411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  46.17 
 
 
400 aa  315  7e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  47.62 
 
 
400 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  46.07 
 
 
335 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  46.02 
 
 
386 aa  293  5e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  45.08 
 
 
392 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  41.75 
 
 
397 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  42.14 
 
 
384 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  38.98 
 
 
424 aa  249  7e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  41.1 
 
 
395 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  44.57 
 
 
399 aa  240  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  39.02 
 
 
423 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  38.29 
 
 
423 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  39.18 
 
 
426 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  38.2 
 
 
423 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  38.64 
 
 
427 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  37.63 
 
 
420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  34.81 
 
 
431 aa  233  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  37.32 
 
 
422 aa  230  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  37.81 
 
 
425 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  38.46 
 
 
422 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  38.86 
 
 
424 aa  227  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  38.04 
 
 
427 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  37.8 
 
 
423 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  38.22 
 
 
427 aa  223  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  38.24 
 
 
425 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  35.94 
 
 
439 aa  219  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  37.53 
 
 
412 aa  206  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  34.4 
 
 
410 aa  193  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  43.22 
 
 
408 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  36.41 
 
 
379 aa  189  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  46.32 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  36.54 
 
 
428 aa  182  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  38.89 
 
 
437 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  45.26 
 
 
426 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  45.88 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  44.04 
 
 
437 aa  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  44 
 
 
473 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  44 
 
 
473 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  41.75 
 
 
433 aa  171  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  44 
 
 
472 aa  171  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  38.26 
 
 
430 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  40 
 
 
459 aa  166  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  39.07 
 
 
445 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  42.93 
 
 
431 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  38 
 
 
466 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  36.98 
 
 
439 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  38 
 
 
465 aa  150  5e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  37.37 
 
 
490 aa  146  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  33.17 
 
 
467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  41.86 
 
 
190 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  35.78 
 
 
483 aa  124  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  36.98 
 
 
486 aa  120  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  35.68 
 
 
403 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  35.68 
 
 
403 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  36.13 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  36.98 
 
 
469 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  36.41 
 
 
406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  34.78 
 
 
446 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  35.11 
 
 
403 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  32.47 
 
 
440 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  34.81 
 
 
414 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 
410 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  35.23 
 
 
402 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 
447 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 
447 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 
378 aa  100  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  33.7 
 
 
432 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  30.65 
 
 
450 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  29.81 
 
 
444 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  29.58 
 
 
425 aa  97.1  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  30.43 
 
 
457 aa  95.5  1e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  34.92 
 
 
400 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  32.58 
 
 
390 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>