146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1350 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  85.95 
 
 		 425 aa  691    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  100 
 
 		 423 aa  840    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  91.02 
 
 		 422 aa  732    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  85.28 
 
 		 427 aa  701    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  86.22 
 
 		 423 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  84.78 
 
 		 426 aa  699    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  86.94 
 
 		 423 aa  719    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  87.94 
 
 		 420 aa  707    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  85.58 
 
 		 423 aa  706    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  91.27 
 
 		 424 aa  764    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  88.29 
 
 		 425 aa  692    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  89.88 
 
 		 424 aa  707    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  86.05 
 
 		 422 aa  707    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  85.98 
 
 		 427 aa  694    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  77.16 
 
 		 427 aa  635    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  82.89 
 
 		 379 aa  587  1e-167  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  73.6 
 
 		 439 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  65.86 
 
 		 412 aa  494  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  46.96 
 
 		 402 aa  325  8.000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  46.96 
 
 		 402 aa  320  3e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  45.04 
 
 		 411 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  46.13 
 
 		 394 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  46.13 
 
 		 394 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  46 
 
 		 402 aa  296  5e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  43.24 
 
 		 400 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  44.5 
 
 		 421 aa  288  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  44.93 
 
 		 399 aa  285  7e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  44.15 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  43.83 
 
 		 388 aa  282  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  44.97 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  44.81 
 
 		 401 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  44.64 
 
 		 391 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  42.96 
 
 		 399 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  45.87 
 
 		 400 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  41.23 
 
 		 431 aa  277  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  43.13 
 
 		 414 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  43.5 
 
 		 418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  43.03 
 
 		 405 aa  273  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  43.5 
 
 		 401 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  43.22 
 
 		 392 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  44.25 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  41.85 
 
 		 399 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  42.04 
 
 		 400 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  43.14 
 
 		 335 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  41.21 
 
 		 388 aa  259  6e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  44.58 
 
 		 375 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  42.57 
 
 		 415 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  43.75 
 
 		 373 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  40.1 
 
 		 393 aa  249  8e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  41.42 
 
 		 398 aa  243  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  37.56 
 
 		 430 aa  229  6e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  38.15 
 
 		 386 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  39.9 
 
 		 397 aa  226  8e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  37.96 
 
 		 428 aa  221  9.999999999999999e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  37.34 
 
 		 384 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  39.37 
 
 		 395 aa  210  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  47.03 
 
 		 428 aa  199  6e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  31.87 
 
 		 410 aa  195  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  41.75 
 
 		 418 aa  193  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  39.84 
 
 		 433 aa  180  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  40.08 
 
 		 426 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  44.39 
 
 		 408 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  38.64 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  40.4 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  39.57 
 
 		 431 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  40.27 
 
 		 437 aa  169  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  38.74 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  41.28 
 
 		 445 aa  167  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  38.93 
 
 		 459 aa  156  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  38.24 
 
 		 466 aa  155  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  37 
 
 		 473 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  37 
 
 		 473 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  37 
 
 		 472 aa  152  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  44.25 
 
 		 190 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  34.31 
 
 		 490 aa  145  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  36.5 
 
 		 465 aa  124  4e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  33.17 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  36.22 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  36.22 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  34.56 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  36.27 
 
 		 444 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  34.54 
 
 		 447 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  34.54 
 
 		 447 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  33.81 
 
 		 414 aa  108  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  30.84 
 
 		 422 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  35.26 
 
 		 483 aa  106  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  33.15 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  30.67 
 
 		 440 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  33.5 
 
 		 486 aa  103  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  33.5 
 
 		 469 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  33.7 
 
 		 402 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  35.79 
 
 		 446 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  32.79 
 
 		 406 aa  97.1  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  34.06 
 
 		 444 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  25.94 
 
 		 457 aa  93.6  5e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  35.42 
 
 		 450 aa  94  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  26.9 
 
 		 378 aa  92  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  33.33 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  29.85 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  32.26 
 
 		 459 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>