147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5386 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  100 
 
 		 430 aa  882    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  64.19 
 
 		 437 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  63.11 
 
 		 426 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  61.01 
 
 		 437 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  57.83 
 
 		 433 aa  502  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  53.71 
 
 		 445 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  45.19 
 
 		 431 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  31.86 
 
 		 459 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  49.5 
 
 		 439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  47.67 
 
 		 473 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  47.67 
 
 		 473 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  47.67 
 
 		 472 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  31.25 
 
 		 466 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  44.09 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  42.86 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  43.58 
 
 		 400 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  42.99 
 
 		 335 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  42.8 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  41.88 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  42.22 
 
 		 396 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  39.91 
 
 		 490 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  43.18 
 
 		 408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  40.71 
 
 		 388 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  40.99 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  40.93 
 
 		 402 aa  181  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  41.86 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  40.99 
 
 		 402 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  44.44 
 
 		 190 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  41.06 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  37.93 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  42.72 
 
 		 399 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  40.18 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  40.85 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  40 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  37.07 
 
 		 431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  39.67 
 
 		 425 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  39.67 
 
 		 423 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  41.23 
 
 		 425 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  38.98 
 
 		 426 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  39.24 
 
 		 439 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  39.29 
 
 		 418 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  39.29 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  39.13 
 
 		 424 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  39.67 
 
 		 423 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  40.89 
 
 		 402 aa  171  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  38.68 
 
 		 388 aa  170  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  39.67 
 
 		 422 aa  170  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  39.06 
 
 		 427 aa  169  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  39.48 
 
 		 427 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  38.84 
 
 		 424 aa  169  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  41.06 
 
 		 391 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  38.36 
 
 		 400 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  37.5 
 
 		 401 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  37.95 
 
 		 401 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  38.43 
 
 		 422 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  39.29 
 
 		 399 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  39.26 
 
 		 423 aa  168  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  39.44 
 
 		 412 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  38.74 
 
 		 423 aa  167  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  38.84 
 
 		 420 aa  167  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  38.74 
 
 		 415 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  39.53 
 
 		 427 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  37.85 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  42.27 
 
 		 430 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  41.58 
 
 		 405 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  38.16 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  38.16 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  45.21 
 
 		 398 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  40.89 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  37.5 
 
 		 418 aa  162  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  41.18 
 
 		 386 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  40.51 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  42.93 
 
 		 486 aa  154  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  38.39 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  41.92 
 
 		 469 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  38.97 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  38.66 
 
 		 465 aa  150  5e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  42.46 
 
 		 379 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  35.86 
 
 		 467 aa  138  2e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  38.14 
 
 		 403 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  37.3 
 
 		 446 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  34.26 
 
 		 403 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  34.26 
 
 		 403 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  33.47 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  36.51 
 
 		 406 aa  124  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  33.33 
 
 		 414 aa  124  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  37.17 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  36.89 
 
 		 450 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  36.13 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  34.87 
 
 		 483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  33.49 
 
 		 444 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  32.47 
 
 		 447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  32.47 
 
 		 447 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  30.41 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  33.52 
 
 		 459 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  28.7 
 
 		 363 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  34.08 
 
 		 459 aa  104  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  31.36 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  29.26 
 
 		 457 aa  99.8  8e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  32.28 
 
 		 397 aa  97.1  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>