147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6153 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  100 
 
 		 372 aa  759    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  62.2 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  43.53 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  50.78 
 
 		 381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  38 
 
 		 386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  36.99 
 
 		 405 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  37.93 
 
 		 391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  38.36 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  36.48 
 
 		 381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  43.63 
 
 		 391 aa  194  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  43.63 
 
 		 380 aa  193  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  45.92 
 
 		 380 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  44.39 
 
 		 396 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  41.35 
 
 		 450 aa  168  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  41.74 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  36.65 
 
 		 391 aa  146  7.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  36.62 
 
 		 408 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  35.35 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  40.21 
 
 		 410 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  38.14 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  35.27 
 
 		 432 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  40.21 
 
 		 409 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  37.14 
 
 		 445 aa  142  9e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  38.07 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  33.02 
 
 		 403 aa  139  7e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  37.89 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  38.92 
 
 		 397 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  36.61 
 
 		 406 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 403 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  37.89 
 
 		 363 aa  136  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  40 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  36.87 
 
 		 484 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  38.86 
 
 		 402 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  35.32 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  38.04 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  37.63 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  35.64 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  37.24 
 
 		 453 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  37.11 
 
 		 407 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  37.11 
 
 		 407 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  36.87 
 
 		 400 aa  126  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  37.63 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 		 459 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  34.11 
 
 		 417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  31.3 
 
 		 444 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 		 459 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  37.75 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  32.98 
 
 		 459 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  34.69 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  32.65 
 
 		 410 aa  97.1  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  29.32 
 
 		 439 aa  95.5  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  36.72 
 
 		 446 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  27.48 
 
 		 447 aa  87  4e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  36.84 
 
 		 486 aa  86.3  7e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  26.94 
 
 		 433 aa  86.3  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  29.23 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  29.23 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  27.92 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  35.11 
 
 		 445 aa  85.1  0.000000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  29.19 
 
 		 431 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  28.29 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  28.72 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  32.37 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  29.41 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  29.63 
 
 		 467 aa  83.2  0.000000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  28.06 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  24.79 
 
 		 465 aa  83.2  0.000000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  27.55 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  28.65 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  26.94 
 
 		 445 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  28.18 
 
 		 399 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  26.18 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  28.49 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  25.48 
 
 		 457 aa  80.1  0.00000000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  30.77 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  27.32 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  28.18 
 
 		 401 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  28.96 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  30.11 
 
 		 426 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  28.27 
 
 		 428 aa  79.3  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  28.57 
 
 		 427 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  27.07 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  29.94 
 
 		 418 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  30.51 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  25.13 
 
 		 430 aa  78.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  26.78 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  26.78 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  29.95 
 
 		 422 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  31.34 
 
 		 486 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  28.8 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  28.8 
 
 		 403 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  30.11 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  28.8 
 
 		 403 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  29.57 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  28.65 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  27.03 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  29.57 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  29.85 
 
 		 425 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  27.51 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  29.3 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>