130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0864 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 492 aa  972    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  63.69 
 
 		 484 aa  523  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  47.51 
 
 		 409 aa  204  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  47.51 
 
 		 410 aa  203  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  47.14 
 
 		 414 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  44.98 
 
 		 380 aa  200  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  44.98 
 
 		 391 aa  199  7.999999999999999e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  48.1 
 
 		 400 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  45.3 
 
 		 402 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  43.84 
 
 		 380 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  43.21 
 
 		 407 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  43.21 
 
 		 407 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  42.46 
 
 		 407 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  40.24 
 
 		 396 aa  180  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  36.55 
 
 		 403 aa  177  5e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  39.33 
 
 		 391 aa  173  7.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  38.79 
 
 		 391 aa  164  4.0000000000000004e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  41.75 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  40.39 
 
 		 390 aa  160  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  41.9 
 
 		 405 aa  159  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  41.18 
 
 		 386 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  40.39 
 
 		 391 aa  156  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  40.91 
 
 		 397 aa  146  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  37.04 
 
 		 445 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  38.26 
 
 		 408 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  40.41 
 
 		 450 aa  138  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  38.24 
 
 		 381 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  34.12 
 
 		 369 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  34.76 
 
 		 378 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  37.5 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  35.64 
 
 		 372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  37.56 
 
 		 432 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  35.71 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  34.93 
 
 		 380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  35.71 
 
 		 398 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  35.23 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  37.86 
 
 		 417 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  33.79 
 
 		 453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  35.65 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  34.2 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  36.46 
 
 		 406 aa  114  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  32.88 
 
 		 445 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  32.35 
 
 		 401 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  31.73 
 
 		 444 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 459 aa  96.3  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 459 aa  93.2  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  31.28 
 
 		 459 aa  90.1  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  29.56 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  29.61 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  23.68 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  30.43 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  28.23 
 
 		 439 aa  73.2  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  30.98 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  30.3 
 
 		 445 aa  71.6  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  32.24 
 
 		 392 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  31.22 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  28.27 
 
 		 437 aa  70.5  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  29.79 
 
 		 418 aa  70.5  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  26.09 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  27.98 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  29.57 
 
 		 400 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  29.12 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  29.9 
 
 		 483 aa  69.3  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  28.14 
 
 		 433 aa  69.3  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  28.65 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  29.12 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  23.74 
 
 		 457 aa  67.4  0.0000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  32.79 
 
 		 486 aa  66.6  0.0000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  30.22 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  29.95 
 
 		 425 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  30.27 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  29.35 
 
 		 423 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  30.98 
 
 		 423 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  29.29 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  27.42 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  27.42 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  29.89 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  29.35 
 
 		 423 aa  64.3  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  27.43 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  26.63 
 
 		 400 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  28.65 
 
 		 388 aa  63.5  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  27.98 
 
 		 422 aa  63.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  27.49 
 
 		 472 aa  63.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  27.96 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  29.51 
 
 		 395 aa  62.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  29.35 
 
 		 424 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  29.38 
 
 		 422 aa  63.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  27.49 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  27.42 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  27.49 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  25.82 
 
 		 437 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  29.35 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  28.26 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  29.02 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  28.27 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  26.88 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  27.75 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  25.96 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  28.93 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  28.35 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>