147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8219 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  100 
 
 		 373 aa  758    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  62.07 
 
 		 372 aa  463  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  39.94 
 
 		 378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  39.36 
 
 		 391 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  37 
 
 		 386 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  42.97 
 
 		 381 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  38.29 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  45.83 
 
 		 381 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  39.22 
 
 		 405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  49.04 
 
 		 396 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  43.54 
 
 		 391 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  43.54 
 
 		 380 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  43.54 
 
 		 380 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  47.62 
 
 		 445 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  41.35 
 
 		 450 aa  172  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  36.44 
 
 		 432 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  40.78 
 
 		 409 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  39.72 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  39.32 
 
 		 410 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  39.81 
 
 		 400 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  39.32 
 
 		 414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  37.11 
 
 		 391 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  38.66 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  33.92 
 
 		 403 aa  143  5e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  38.38 
 
 		 391 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  36.69 
 
 		 402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  38.92 
 
 		 397 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  37.86 
 
 		 407 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  31.23 
 
 		 403 aa  139  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  40.72 
 
 		 363 aa  139  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  36.89 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  36.89 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  36.41 
 
 		 408 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  36.99 
 
 		 406 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.66 
 
 		 445 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  40.21 
 
 		 363 aa  135  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  36.36 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  33.17 
 
 		 453 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  35.29 
 
 		 484 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  40.49 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  34.29 
 
 		 492 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  36.27 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  32.59 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  32 
 
 		 459 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  30.18 
 
 		 444 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  33.02 
 
 		 417 aa  112  8.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  32.5 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  31 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  27.47 
 
 		 439 aa  97.8  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  31.63 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  31.63 
 
 		 410 aa  93.2  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  33.33 
 
 		 486 aa  91.3  3e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  32.18 
 
 		 427 aa  86.7  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  30.57 
 
 		 447 aa  86.3  9e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  28.57 
 
 		 466 aa  85.9  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  26.39 
 
 		 457 aa  85.1  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  26.94 
 
 		 433 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  29.78 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  29.21 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  30.73 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  27.46 
 
 		 445 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  28.57 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  27.27 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  27.27 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  27.27 
 
 		 472 aa  83.2  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  31.19 
 
 		 426 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  31.19 
 
 		 423 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  31.19 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  33.17 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  27.78 
 
 		 459 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  31.69 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  28.72 
 
 		 467 aa  81.6  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  29.67 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  27.76 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  29.78 
 
 		 402 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  35.65 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  27.37 
 
 		 437 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  27.04 
 
 		 465 aa  81.3  0.00000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  31.49 
 
 		 402 aa  80.9  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  31.55 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  29.12 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  29.02 
 
 		 401 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  27.72 
 
 		 383 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  30.69 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  31.19 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  29.21 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  30.64 
 
 		 418 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  31.19 
 
 		 412 aa  79.7  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  30.2 
 
 		 423 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  30.69 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  29.65 
 
 		 439 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  30.69 
 
 		 420 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  29.1 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  32 
 
 		 423 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  27.66 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  27.66 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  32 
 
 		 424 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  25.77 
 
 		 396 aa  77.4  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  28.9 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>