More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0065 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  100 
 
 
305 aa  626  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.7 
 
 
300 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  57.97 
 
 
301 aa  356  2e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  58.95 
 
 
302 aa  353  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.1 
 
 
308 aa  241  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.62 
 
 
308 aa  224  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
310 aa  220  2e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
304 aa  216  5e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.52 
 
 
316 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.94 
 
 
312 aa  214  1e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 
455 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.34361e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.78 
 
 
319 aa  209  5e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  40 
 
 
318 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.5 
 
 
312 aa  205  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 
308 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 
308 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.75 
 
 
322 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 
322 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.78 
 
 
308 aa  201  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 
317 aa  200  3e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.46 
 
 
314 aa  198  8e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.19 
 
 
324 aa  197  1e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 
310 aa  197  2e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.06 
 
 
349 aa  197  2e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 
315 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
306 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  41.3 
 
 
310 aa  196  5e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 
310 aa  196  5e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 
310 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.26 
 
 
310 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.74 
 
 
306 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  37.33 
 
 
305 aa  192  5e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 
317 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 
317 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  40.55 
 
 
323 aa  192  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  40.26 
 
 
347 aa  192  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.43 
 
 
312 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 
308 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
315 aa  179  5e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 
351 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  36.46 
 
 
329 aa  174  1e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 
338 aa  174  2e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 
310 aa  174  2e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 
322 aa  173  3e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 
301 aa  173  3e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 
322 aa  173  3e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  34 
 
 
306 aa  172  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  37.71 
 
 
299 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  36.21 
 
 
301 aa  169  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  34.13 
 
 
300 aa  170  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 
941 aa  169  6e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.86 
 
 
337 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
593 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
593 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.47 
 
 
419 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.55 
 
 
309 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.74 
 
 
316 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  35.4 
 
 
301 aa  164  2e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.43 
 
 
917 aa  163  3e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  34.91 
 
 
344 aa  163  4e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  32.78 
 
 
542 aa  162  4e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
434 aa  162  5e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
434 aa  162  5e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 
360 aa  162  8e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  32.44 
 
 
542 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
314 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
434 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.28 
 
 
300 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34 
 
 
314 aa  159  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.86 
 
 
316 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.81 
 
 
436 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.91 
 
 
306 aa  159  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 
461 aa  159  8e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 
330 aa  158  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.03 
 
 
322 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 
306 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.69 
 
 
715 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 
308 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.13 
 
 
353 aa  156  5e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.36 
 
 
341 aa  155  9e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  32.81 
 
 
327 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 
457 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.59 
 
 
634 aa  152  6e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 
303 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.84 
 
 
457 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.75 
 
 
455 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.09 
 
 
451 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3553  response regulator receiver  56.15 
 
 
384 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739627  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.01 
 
 
341 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  31.33 
 
 
551 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.97 
 
 
459 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4060  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  58.27 
 
 
365 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0748941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.74 
 
 
452 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
341 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.74 
 
 
451 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2589  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  48.48 
 
 
375 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0322399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.7 
 
 
556 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  31.85 
 
 
302 aa  149  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  53.73 
 
 
383 aa  148  1e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  53.73 
 
 
383 aa  148  1e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>