More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3329 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  62.8 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  54.03 
 
 		 322 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  51.92 
 
 		 291 aa  305  7e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.11 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  75 
 
 		 97 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  28.47 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  43.59 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  41.53 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  34.78 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 306 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 120 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 123 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  36.75 
 
 		 336 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.9 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  40.17 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  40.17 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.4 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03507  hypothetical protein  40.4 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.702446  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  26.99 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5113  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.52445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 281 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  32.58 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  33.61 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 275 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 281 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>