More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0023 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 297 aa  624  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  624  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03507  hypothetical protein  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.702446  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5113  transcriptional regulator, AraC family  99.33 
 
 		 297 aa  622  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.52445 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  98.99 
 
 		 297 aa  619  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  40.4 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  22.79 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  25.14 
 
 		 529 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  40.21 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  30.37 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  22.67 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 463 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  27.27 
 
 		 529 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.26 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  25.86 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 364 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  32.8 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  34.69 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.63 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 337 aa  62.8  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 353 aa  62.8  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 349 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  22.79 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  34.74 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  25.32 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  32.22 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  29.46 
 
 		 348 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00274  transcriptional regulator, AraC family protein  25.88 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3848  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0846255  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  29.46 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0541  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.514345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>