More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1118 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  100 
 
 		 214 aa  439  9.999999999999999e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  34.64 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 218 aa  68.2  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 234 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 235 aa  64.7  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.74 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  29.38 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  27.81 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 249 aa  58.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 250 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  31.3 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  31.3 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  41.67 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  22.37 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 275 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 288 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 193 aa  54.7  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 276 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 272 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 272 aa  54.3  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 239 aa  53.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 245 aa  53.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  29.45 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 223 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 354 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 220 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  27.07 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 273 aa  52  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 220 aa  52  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  40.35 
 
 		 221 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 218 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  52  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  52  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  52  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 242 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 273 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 273 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>