More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0097 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  54.81 
 
 		 703 aa  695    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  54.89 
 
 		 697 aa  740    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  53.5 
 
 		 704 aa  693    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  53.09 
 
 		 672 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  53.41 
 
 		 706 aa  691    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 662 aa  1330    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  53.87 
 
 		 704 aa  696    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  54.38 
 
 		 714 aa  691    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  54.33 
 
 		 675 aa  694    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  54.06 
 
 		 658 aa  697    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  53.34 
 
 		 705 aa  693    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  54.57 
 
 		 710 aa  685    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  53.59 
 
 		 703 aa  692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  52.65 
 
 		 705 aa  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  54.84 
 
 		 724 aa  694    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  55.87 
 
 		 707 aa  695    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  55.46 
 
 		 689 aa  716    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  53.9 
 
 		 700 aa  695    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  53.9 
 
 		 700 aa  695    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  55.54 
 
 		 681 aa  721    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  53.74 
 
 		 702 aa  697    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  54.57 
 
 		 710 aa  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  53.64 
 
 		 705 aa  695    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  52.72 
 
 		 674 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  51.37 
 
 		 640 aa  614  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  49.6 
 
 		 686 aa  609  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  49.29 
 
 		 686 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  49.29 
 
 		 686 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  52.51 
 
 		 640 aa  608  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  49.29 
 
 		 686 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  49.13 
 
 		 686 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  49.76 
 
 		 655 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  47.67 
 
 		 650 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  47.28 
 
 		 654 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  47.36 
 
 		 654 aa  558  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  45.38 
 
 		 640 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  45.55 
 
 		 640 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  45.55 
 
 		 640 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  44.01 
 
 		 660 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  39.61 
 
 		 655 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.32 
 
 		 673 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  37.42 
 
 		 670 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  35.17 
 
 		 696 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  35.85 
 
 		 666 aa  365  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 		 658 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  37.56 
 
 		 703 aa  353  7e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  36.57 
 
 		 658 aa  347  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  36.82 
 
 		 645 aa  342  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  39.42 
 
 		 725 aa  340  5.9999999999999996e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  38.32 
 
 		 634 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  36.52 
 
 		 776 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  34.37 
 
 		 758 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  53.42 
 
 		 716 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  35.11 
 
 		 748 aa  320  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  54.11 
 
 		 714 aa  320  6e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  35.76 
 
 		 650 aa  320  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 650 aa  311  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  35.88 
 
 		 649 aa  308  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  32.62 
 
 		 717 aa  296  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.68 
 
 		 750 aa  295  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 682 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.78 
 
 		 787 aa  279  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  32.27 
 
 		 738 aa  278  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  31.49 
 
 		 783 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  33.62 
 
 		 641 aa  276  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  31.08 
 
 		 807 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  31.52 
 
 		 793 aa  273  8.000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  30.04 
 
 		 789 aa  271  4e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.03 
 
 		 803 aa  269  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  32.07 
 
 		 736 aa  266  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  29.46 
 
 		 728 aa  263  6.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.37 
 
 		 791 aa  262  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  29.37 
 
 		 791 aa  260  7e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  33.28 
 
 		 636 aa  259  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 774 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 648 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 753 aa  255  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.6 
 
 		 781 aa  254  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.01 
 
 		 635 aa  254  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.14 
 
 		 747 aa  254  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  31.39 
 
 		 702 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  30.46 
 
 		 781 aa  253  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.1 
 
 		 740 aa  251  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.73 
 
 		 799 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  28.91 
 
 		 732 aa  250  6e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  32.6 
 
 		 630 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  40.41 
 
 		 584 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  40.58 
 
 		 584 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.88 
 
 		 632 aa  239  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.6 
 
 		 804 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  40.67 
 
 		 584 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  28.76 
 
 		 748 aa  227  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.38 
 
 		 805 aa  211  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  26.98 
 
 		 892 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  36.18 
 
 		 744 aa  205  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  37.16 
 
 		 791 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  47.59 
 
 		 338 aa  200  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  27.67 
 
 		 904 aa  200  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  35.62 
 
 		 757 aa  200  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  47.59 
 
 		 338 aa  200  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>