More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5270 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  62.5 
 
 		 561 aa  720    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  61.99 
 
 		 561 aa  706    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 558 aa  1123    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  59.49 
 
 		 560 aa  621  1e-176  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.03 
 
 		 567 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.95 
 
 		 566 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.13 
 
 		 566 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.84 
 
 		 566 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.36 
 
 		 562 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.21 
 
 		 563 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.83 
 
 		 575 aa  475  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.83 
 
 		 562 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.08 
 
 		 558 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.08 
 
 		 567 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.08 
 
 		 567 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.08 
 
 		 560 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.3 
 
 		 556 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 560 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  42.49 
 
 		 560 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 560 aa  458  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 560 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 562 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  42.49 
 
 		 560 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 562 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 		 577 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.91 
 
 		 629 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 561 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 561 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 561 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.74 
 
 		 561 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.37 
 
 		 561 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  28.12 
 
 		 688 aa  205  2e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  28.12 
 
 		 688 aa  205  2e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  26.8 
 
 		 681 aa  202  9.999999999999999e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  28.06 
 
 		 692 aa  192  9e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  27.34 
 
 		 667 aa  189  1e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  26.64 
 
 		 663 aa  188  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  27.55 
 
 		 675 aa  187  3e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  29.86 
 
 		 673 aa  187  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  26.76 
 
 		 675 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  26.52 
 
 		 684 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  24.83 
 
 		 662 aa  184  3e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  28.82 
 
 		 666 aa  182  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 669 aa  181  4e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  27.08 
 
 		 670 aa  179  9e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  25.27 
 
 		 675 aa  178  3e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  27.38 
 
 		 699 aa  177  4e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  26.2 
 
 		 673 aa  176  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.68 
 
 		 660 aa  176  9.999999999999999e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  24.3 
 
 		 668 aa  176  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  26.92 
 
 		 674 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  27.6 
 
 		 674 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  27.98 
 
 		 691 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  26.51 
 
 		 680 aa  174  3.9999999999999995e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  26.03 
 
 		 673 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.51 
 
 		 684 aa  172  1e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.57 
 
 		 670 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  26.79 
 
 		 686 aa  171  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.25 
 
 		 700 aa  170  5e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  27.4 
 
 		 673 aa  170  7e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  24.03 
 
 		 665 aa  170  7e-41  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.05 
 
 		 693 aa  169  1e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 662 aa  169  1e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  25.72 
 
 		 676 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  25.47 
 
 		 671 aa  169  2e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  23.88 
 
 		 680 aa  168  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  28.69 
 
 		 672 aa  167  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  27.19 
 
 		 684 aa  167  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.18 
 
 		 669 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  27.84 
 
 		 681 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  23.13 
 
 		 673 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.18 
 
 		 669 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.86 
 
 		 679 aa  166  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  29.59 
 
 		 677 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.11 
 
 		 680 aa  165  2.0000000000000002e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.4 
 
 		 670 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  27.8 
 
 		 794 aa  164  5.0000000000000005e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.54 
 
 		 669 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  24.96 
 
 		 656 aa  163  6e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  163  7e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  163  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  163  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  26.68 
 
 		 677 aa  163  7e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.75 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.75 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  24.87 
 
 		 668 aa  162  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  27.1 
 
 		 668 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  26.11 
 
 		 685 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  23.54 
 
 		 670 aa  162  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  26.85 
 
 		 694 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  27.9 
 
 		 671 aa  161  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  27.9 
 
 		 671 aa  161  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  26 
 
 		 663 aa  161  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.6 
 
 		 669 aa  161  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  26.11 
 
 		 685 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  25.94 
 
 		 685 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  25.89 
 
 		 685 aa  160  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  26.83 
 
 		 664 aa  159  9e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>