More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0668 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  74.81 
 
 
795 aa  1222  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  67.38 
 
 
791 aa  1094  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  66.16 
 
 
791 aa  1080  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  100 
 
 
795 aa  1618  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  5.70881e-07  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  67.54 
 
 
770 aa  1082  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  67.93 
 
 
762 aa  1081  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  63.77 
 
 
794 aa  1053  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  38.11 
 
 
795 aa  495  1e-138  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  38.11 
 
 
750 aa  490  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  38.87 
 
 
709 aa  490  1e-137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  40 
 
 
751 aa  491  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  40.85 
 
 
825 aa  468  1e-130  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  39.19 
 
 
705 aa  462  1e-128  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.83 
 
 
788 aa  459  1e-127  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.65 
 
 
808 aa  454  1e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.23572e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.65 
 
 
806 aa  455  1e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.54 
 
 
810 aa  452  1e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.54 
 
 
808 aa  453  1e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.67 
 
 
804 aa  454  1e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.93308e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.54 
 
 
806 aa  453  1e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  36.03 
 
 
762 aa  453  1e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.17995e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.25 
 
 
758 aa  452  1e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.65 
 
 
808 aa  454  1e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.59 
 
 
812 aa  454  1e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.45 
 
 
814 aa  452  1e-126  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.4 
 
 
806 aa  452  1e-125  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  35.4 
 
 
742 aa  447  1e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.43 
 
 
792 aa  447  1e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  38.15 
 
 
716 aa  443  1e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  38.15 
 
 
735 aa  444  1e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.64 
 
 
757 aa  441  1e-122  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.83 
 
 
709 aa  439  1e-122  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.15062e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.34 
 
 
706 aa  438  1e-121  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  38.89 
 
 
718 aa  437  1e-121  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  38.63 
 
 
702 aa  430  1e-119  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  38.15 
 
 
751 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  38.3 
 
 
751 aa  427  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.76 
 
 
752 aa  421  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  35.98 
 
 
706 aa  419  1e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  3.33488e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  38.78 
 
 
726 aa  419  1e-115  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  36.42 
 
 
792 aa  417  1e-115  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  35.95 
 
 
715 aa  415  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.93 
 
 
759 aa  406  1e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  35.04 
 
 
790 aa  407  1e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  35.04 
 
 
790 aa  407  1e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.89 
 
 
763 aa  406  1e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  39.88 
 
 
722 aa  402  1e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  36.56 
 
 
763 aa  404  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  34.53 
 
 
770 aa  400  1e-110  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  37.98 
 
 
863 aa  397  1e-109  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  34.32 
 
 
817 aa  398  1e-109  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.38 
 
 
810 aa  394  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  36.53 
 
 
716 aa  394  1e-108  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.5 
 
 
720 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  33.03 
 
 
801 aa  387  1e-106  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  34.02 
 
 
801 aa  386  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  36.28 
 
 
777 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.88 
 
 
903 aa  381  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.54 
 
 
819 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  36.22 
 
 
710 aa  376  1e-103  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.22 
 
 
774 aa  379  1e-103  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.65 
 
 
737 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  36.36 
 
 
710 aa  377  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.7 
 
 
857 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.28048e-05 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  35.27 
 
 
704 aa  374  1e-102  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.64 
 
 
705 aa  371  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  1.08449e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.4 
 
 
859 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.41 
 
 
857 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  36.54 
 
 
766 aa  370  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  34.03 
 
 
810 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.41 
 
 
857 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  32.04 
 
 
870 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.1 
 
 
737 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.64 
 
 
818 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  32.34 
 
 
864 aa  365  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  33.82 
 
 
827 aa  363  5e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  33.82 
 
 
827 aa  363  5e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  33.82 
 
 
827 aa  363  5e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.48 
 
 
1182 aa  363  6e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.77 
 
 
861 aa  363  7e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  32.25 
 
 
848 aa  363  7e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.26 
 
 
876 aa  362  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  33.67 
 
 
828 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  31.74 
 
 
871 aa  363  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.84 
 
 
828 aa  362  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  33.38 
 
 
895 aa  361  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  7.14577e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  32.57 
 
 
726 aa  362  2e-98  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.11 
 
 
877 aa  360  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  32.96 
 
 
865 aa  360  6e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  31.78 
 
 
876 aa  360  6e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.44 
 
 
813 aa  360  6e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  34.02 
 
 
733 aa  360  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  33.24 
 
 
771 aa  359  9e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  34.38 
 
 
805 aa  359  1e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  33.99 
 
 
808 aa  359  1e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  33.19 
 
 
764 aa  358  2e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.14 
 
 
809 aa  358  2e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  34.54 
 
 
842 aa  358  2e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  33.2 
 
 
858 aa  357  3e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  33.84 
 
 
746 aa  357  3e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>