More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0232 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.58 
 
 		 1342 aa  1201    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.58 
 
 		 1342 aa  1201    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.4 
 
 		 1252 aa  1475    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.17 
 
 		 1272 aa  799    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.25 
 
 		 1370 aa  1311    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.87 
 
 		 1357 aa  1218    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.9 
 
 		 1269 aa  1183    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.38 
 
 		 1167 aa  815    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.65 
 
 		 1183 aa  810    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.86 
 
 		 1358 aa  1231    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  43.21 
 
 		 2837 aa  896    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.99 
 
 		 1368 aa  1171    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.64 
 
 		 1342 aa  1212    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.11 
 
 		 1378 aa  1053    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.05 
 
 		 1377 aa  1258    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.54 
 
 		 1345 aa  1197    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.84 
 
 		 1357 aa  1214    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.8 
 
 		 1368 aa  1236    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.87 
 
 		 1368 aa  1237    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.54 
 
 		 1357 aa  1210    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.29 
 
 		 1372 aa  1177    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.28 
 
 		 1427 aa  940    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.82 
 
 		 1155 aa  764    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.45 
 
 		 1095 aa  795    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.38 
 
 		 1368 aa  1180    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.53 
 
 		 1380 aa  1131    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.31 
 
 		 1359 aa  1217    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.16 
 
 		 1380 aa  1255    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.53 
 
 		 1368 aa  1179    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.56 
 
 		 1359 aa  1253    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.29 
 
 		 1357 aa  1215    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.16 
 
 		 1377 aa  1236    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.29 
 
 		 1368 aa  1297    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.67 
 
 		 1368 aa  1177    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.63 
 
 		 1301 aa  1232    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.36 
 
 		 1097 aa  781    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.12 
 
 		 1300 aa  1236    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.97 
 
 		 1097 aa  780    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.4 
 
 		 1370 aa  1311    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.98 
 
 		 1375 aa  1264    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.23 
 
 		 1352 aa  1186    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.37 
 
 		 1381 aa  1074    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.03 
 
 		 1097 aa  777    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.82 
 
 		 1357 aa  1200    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.79 
 
 		 1393 aa  1259    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.92 
 
 		 1141 aa  919    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.45 
 
 		 1368 aa  1174    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.14 
 
 		 1422 aa  1284    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.19 
 
 		 1141 aa  753    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.88 
 
 		 1390 aa  1255    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.76 
 
 		 1392 aa  1216    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.46 
 
 		 1358 aa  1059    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.09 
 
 		 1380 aa  1125    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.55 
 
 		 1385 aa  1216    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.93 
 
 		 1350 aa  1167    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.99 
 
 		 1361 aa  1218    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.56 
 
 		 1373 aa  1268    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.51 
 
 		 1390 aa  1144    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.92 
 
 		 1370 aa  1176    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.45 
 
 		 1368 aa  1170    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.53 
 
 		 1343 aa  1199    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.6 
 
 		 1374 aa  1267    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.7 
 
 		 1358 aa  1194    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.31 
 
 		 1380 aa  1265    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.49 
 
 		 1372 aa  1039    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.75 
 
 		 1368 aa  1180    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.55 
 
 		 1340 aa  1173    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.56 
 
 		 1489 aa  1220    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.17 
 
 		 1379 aa  1264    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.91 
 
 		 1392 aa  1234    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.89 
 
 		 1368 aa  1185    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.7 
 
 		 1166 aa  752    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.37 
 
 		 1141 aa  774    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.83 
 
 		 1342 aa  1171    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.87 
 
 		 1379 aa  1253    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.5 
 
 		 1291 aa  1211    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.77 
 
 		 1342 aa  1191    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.56 
 
 		 1325 aa  1190    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.61 
 
 		 1345 aa  1198    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.79 
 
 		 1355 aa  1233    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.15 
 
 		 1343 aa  1195    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  52.57 
 
 		 1107 aa  894    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.46 
 
 		 1357 aa  1258    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.67 
 
 		 1368 aa  1183    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.77 
 
 		 1357 aa  1226    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.92 
 
 		 1196 aa  781    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  43.95 
 
 		 1197 aa  780    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.35 
 
 		 1212 aa  765    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.76 
 
 		 1202 aa  775    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.48 
 
 		 1193 aa  769    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.89 
 
 		 1368 aa  1185    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  50.55 
 
 		 1370 aa  1296    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  50.58 
 
 		 1360 aa  1286    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.61 
 
 		 1345 aa  1198    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.12 
 
 		 1169 aa  749    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.04 
 
 		 1379 aa  1045    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.34 
 
 		 1499 aa  1039    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.89 
 
 		 1312 aa  1232    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.15 
 
 		 1382 aa  1077    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.65 
 
 		 1342 aa  1192    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>