More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0563 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0563  phage integrase family protein  100 
 
 
361 aa  739  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  56.27 
 
 
383 aa  377  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  39 
 
 
378 aa  209  4e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2927  phage integrase family protein  34.18 
 
 
391 aa  159  8e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.229972  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  34.57 
 
 
407 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  34.23 
 
 
365 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2073  integrase family protein  35.64 
 
 
451 aa  154  3e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.087873  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  34.82 
 
 
397 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  33.33 
 
 
370 aa  139  5e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2293  phage integrase family protein  31.75 
 
 
395 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0604  integrase family protein  30.94 
 
 
404 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  31.27 
 
 
433 aa  134  2e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0924  integrase family protein  28.68 
 
 
399 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0121  integrase family protein  28.04 
 
 
422 aa  129  8e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.534504  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0014  integrase family protein  35.63 
 
 
367 aa  119  1e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23910  site-specific recombinase XerD  31.2 
 
 
402 aa  116  6e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.075478  normal  0.15395 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  31.52 
 
 
378 aa  114  2e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6364  integrase family protein  26.33 
 
 
398 aa  109  7e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  27.89 
 
 
379 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  29.27 
 
 
377 aa  102  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  29.51 
 
 
368 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  25.13 
 
 
400 aa  101  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  29.14 
 
 
390 aa  100  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  24.44 
 
 
370 aa  99.8  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  24.8 
 
 
386 aa  99  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  28.12 
 
 
363 aa  98.6  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  25.36 
 
 
368 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  28.53 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  25.48 
 
 
381 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.65595e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  26.12 
 
 
390 aa  96.3  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  26.93 
 
 
376 aa  93.2  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  27.73 
 
 
391 aa  93.2  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  24.81 
 
 
383 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.32895e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  27.72 
 
 
391 aa  90.9  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  26.76 
 
 
370 aa  91.3  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  24.8 
 
 
394 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  25.89 
 
 
389 aa  89.7  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  23.05 
 
 
435 aa  89.4  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5293  integrase family protein  31.13 
 
 
399 aa  89.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  22.67 
 
 
369 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0058  phage integrase family protein  27.11 
 
 
395 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.251229  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  22.38 
 
 
369 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  1.20563e-05 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  22.22 
 
 
369 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  25.49 
 
 
357 aa  86.3  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  24.32 
 
 
391 aa  86.3  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  24.76 
 
 
414 aa  84.7  2e-15  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.30336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  25.58 
 
 
325 aa  84  3e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  29.45 
 
 
477 aa  83.6  4e-15  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  28.88 
 
 
387 aa  84  4e-15  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  25.82 
 
 
387 aa  83.2  7e-15  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4448  phage integrase family protein  26.06 
 
 
424 aa  82.4  1e-14  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.322677  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  27.6 
 
 
367 aa  80.9  4e-14  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1691  phage integrase family protein  28.77 
 
 
402 aa  80.1  5e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.66436 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  25.14 
 
 
385 aa  79.7  7e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.19227e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  22.22 
 
 
370 aa  79.3  9e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  21.73 
 
 
443 aa  79.3  9e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  25.08 
 
 
383 aa  79  1e-13  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  26.61 
 
 
463 aa  77.8  3e-13  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  25.47 
 
 
392 aa  77  4e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1885  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  24.18 
 
 
356 aa  76.6  6e-13  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  26.79 
 
 
413 aa  76.6  7e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1956  Integrase  24.59 
 
 
312 aa  75.1  2e-12  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1795  Integrase  24.66 
 
 
407 aa  75.1  2e-12  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  24.23 
 
 
378 aa  74.3  3e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1096  integrase  22.1 
 
 
374 aa  73.9  4e-12  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.077251  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2060  hypothetical protein  50.62 
 
 
115 aa  73.9  4e-12  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.352695  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  25.97 
 
 
379 aa  73.9  4e-12  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  25.97 
 
 
379 aa  73.9  4e-12  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0864  phage integrase family protein  22.75 
 
 
349 aa  73.2  7e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0352184  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0848  phage integrase family protein  22.75 
 
 
349 aa  73.2  7e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  25 
 
 
409 aa  73.2  7e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  29.38 
 
 
407 aa  73.2  7e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  23.48 
 
 
393 aa  72.8  9e-12  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  24.14 
 
 
392 aa  72.4  1e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  24.18 
 
 
385 aa  72  1e-11  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  26.48 
 
 
378 aa  71.6  2e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  28.02 
 
 
397 aa  70.9  3e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  34.15 
 
 
487 aa  70.5  5e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  26.53 
 
 
451 aa  70.1  6e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  26.94 
 
 
456 aa  70.1  6e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  22.6 
 
 
392 aa  69.7  7e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  3.97895e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  23.81 
 
 
305 aa  69.7  7e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03170  site-specific recombinase XerD  32.34 
 
 
307 aa  69.7  8e-11  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  2.20198e-09 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3499  integrase family protein  25.92 
 
 
368 aa  69.7  8e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000340769  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  26.53 
 
 
451 aa  69.3  9e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19160  site-specific recombinase XerD  25.06 
 
 
356 aa  68.9  1e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  0.148917 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  23.53 
 
 
387 aa  68.9  1e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  26.53 
 
 
451 aa  69.3  1e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  28.38 
 
 
386 aa  68.6  2e-10  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0039  integrase family protein  23.17 
 
 
451 aa  67.8  3e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  24.6 
 
 
380 aa  67.4  3e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  28.74 
 
 
374 aa  67.8  3e-10  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0956  site-specific recombinase, phage integrase family  28.36 
 
 
323 aa  67  5e-10  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  22.91 
 
 
373 aa  67  5e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 
301 aa  67  5e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12675  phiRv2 prophage integrase  23.99 
 
 
375 aa  66.6  6e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.14455e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1423  integrase family protein  27.72 
 
 
509 aa  66.6  6e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00313784  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1607  phage integrase family protein  28.12 
 
 
402 aa  66.6  7e-10  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  26.39 
 
 
422 aa  66.2  8e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0939  integrase family protein  26.5 
 
 
357 aa  65.5  1e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0828563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>