256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4388 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4388  integrase family protein  100 
 
 		 399 aa  811    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  0.599822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4065  integrase family protein  75.94 
 
 		 394 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.438471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  33.71 
 
 		 354 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  33.71 
 
 		 354 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.75 
 
 		 367 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  31.06 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  31.06 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  31.06 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  31.06 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  31.33 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.08 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  27.86 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  29.64 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  26.53 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  28.37 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  25.21 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  25.81 
 
 		 424 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  26.9 
 
 		 404 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  25.24 
 
 		 359 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  28.37 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  32.18 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.48 
 
 		 401 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  30.65 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  28.94 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  29.75 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  28.62 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  28.62 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  26.56 
 
 		 435 aa  70.1  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  28.3 
 
 		 351 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27.2 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1208  phage integrase  31.19 
 
 		 476 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  26.15 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  25.92 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  27.38 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  24.93 
 
 		 392 aa  67  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  25.49 
 
 		 387 aa  67  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  25.38 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.4 
 
 		 159 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  28.37 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  26.04 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  25.48 
 
 		 454 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  28.51 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  31.98 
 
 		 172 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  28.51 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  31.45 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  28.85 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.52 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  29.65 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  22.87 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  29.17 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  28.27 
 
 		 343 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  27.88 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  30.05 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  31.39 
 
 		 276 aa  62.8  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  30.04 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.67 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  32.84 
 
 		 396 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  27.43 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  28.97 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  26.59 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  28.92 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0545  prophage LambdaSa1, site-specific recombinase phage integrase family protein  26.26 
 
 		 359 aa  58.9  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000831336  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  31.02 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  31.02 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  27.35 
 
 		 384 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  26.21 
 
 		 437 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  24.21 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  26.77 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  23.15 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  24.03 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  29.07 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  26.27 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  26.79 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  23.92 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  27.82 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  27.47 
 
 		 339 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  27.92 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  25.28 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  28.13 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  24.85 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  26.18 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  22.4 
 
 		 431 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.07 
 
 		 347 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  24.8 
 
 		 337 aa  55.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  22.4 
 
 		 398 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  26.9 
 
 		 365 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1703  phage integrase  29.47 
 
 		 285 aa  55.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  22.4 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1249  integrase family protein  26.71 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.447999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  26.57 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.59 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3678  integrase family protein  27.31 
 
 		 275 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1213  ferredoxin, 4Fe-4S  20.74 
 
 		 288 aa  54.3  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  28.75 
 
 		 482 aa  54.7  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  28.24 
 
 		 340 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  24.28 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  29.49 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  24 
 
 		 370 aa  54.3  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>