More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0082 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 
338 aa  681    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  64.69 
 
 
331 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  57.14 
 
 
321 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  51.08 
 
 
335 aa  347  2e-94  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.47 
 
 
333 aa  337  9.999999999999999e-92  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50 
 
 
333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.16 
 
 
333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.68 
 
 
331 aa  331  1e-89  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  48.17 
 
 
338 aa  330  2e-89  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.38 
 
 
328 aa  330  2e-89  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.49 
 
 
331 aa  330  3e-89  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.94 
 
 
331 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.69 
 
 
359 aa  327  3e-88  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.87 
 
 
333 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  48.23 
 
 
332 aa  294  2e-78  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  49.48 
 
 
286 aa  291  1e-77  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  44.89 
 
 
481 aa  282  6.000000000000001e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  45.85 
 
 
322 aa  277  1e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  43.85 
 
 
484 aa  276  3e-73  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  46.92 
 
 
302 aa  275  5e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  43.79 
 
 
475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  43.79 
 
 
503 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  46.74 
 
 
299 aa  259  4e-68  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  48.61 
 
 
251 aa  255  9e-67  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  43.65 
 
 
411 aa  255  9e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  44.76 
 
 
310 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  44.4 
 
 
282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.04 
 
 
304 aa  239  4e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.33 
 
 
295 aa  238  9e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.9 
 
 
343 aa  237  2e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.75 
 
 
314 aa  230  2e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  47.39 
 
 
233 aa  227  2e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.32 
 
 
299 aa  224  2e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 
305 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  35.91 
 
 
305 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  31.27 
 
 
300 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  32.91 
 
 
304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
310 aa  135  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  31.54 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  35.91 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.83 
 
 
302 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  30.79 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  30.46 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  29.12 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  34.69 
 
 
309 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  34.69 
 
 
309 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 
304 aa  130  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  36.55 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 
304 aa  129  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  31.38 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  31.76 
 
 
300 aa  127  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  27.15 
 
 
300 aa  127  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 
306 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  31 
 
 
299 aa  125  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  31.35 
 
 
313 aa  125  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  33.21 
 
 
307 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  32.44 
 
 
303 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  33.56 
 
 
312 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  32.38 
 
 
294 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
310 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
310 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 
321 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
295 aa  123  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  33.59 
 
 
306 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  29.25 
 
 
295 aa  123  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 
310 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  34.15 
 
 
305 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  37.77 
 
 
249 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  33.59 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  31.83 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 
310 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
311 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  32.68 
 
 
292 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  32.01 
 
 
310 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  31.65 
 
 
412 aa  119  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  29.81 
 
 
317 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
318 aa  119  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  31.18 
 
 
328 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  31.04 
 
 
366 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  29.29 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  30.85 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  32.69 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  32.99 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  31.21 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  32.65 
 
 
371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  31.1 
 
 
307 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  30.35 
 
 
323 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.06 
 
 
297 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  31.97 
 
 
293 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  30.5 
 
 
307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  31.21 
 
 
368 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  29.93 
 
 
301 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  31.97 
 
 
293 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>