More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2750 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  100 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  65.85 
 
 		 322 aa  396  1e-109  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  62.8 
 
 		 302 aa  375  1e-103  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  60.71 
 
 		 282 aa  338  4e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  55.67 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  49.32 
 
 		 338 aa  279  4e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.78 
 
 		 338 aa  272  6e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.57 
 
 		 331 aa  259  3e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.41 
 
 		 333 aa  257  1e-67  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.41 
 
 		 333 aa  257  1e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.75 
 
 		 333 aa  256  4e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 321 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.18 
 
 		 359 aa  250  2e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.24 
 
 		 331 aa  246  4e-64  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.81 
 
 		 331 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.29 
 
 		 335 aa  243  1.9999999999999999e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.67 
 
 		 333 aa  242  6e-63  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.67 
 
 		 331 aa  238  5.999999999999999e-62  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.39 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  43.88 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.12 
 
 		 286 aa  221  9.999999999999999e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.43 
 
 		 251 aa  219  6e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.91 
 
 		 314 aa  211  9e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.28 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.26 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  41.08 
 
 		 481 aa  204  2e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.85 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  40 
 
 		 475 aa  199  6e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.54 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  40.61 
 
 		 503 aa  196  6e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  39.53 
 
 		 484 aa  194  2e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  41.41 
 
 		 233 aa  190  2e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  41.04 
 
 		 411 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  29.9 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  34.76 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 249 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  33.84 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  31.09 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  34.22 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  35.04 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  31.23 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  27.87 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  31.75 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  34.32 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  31.95 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  31.3 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  31.95 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  33.58 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  33.58 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  30.9 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  30.3 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  37.09 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  31.75 
 
 		 344 aa  105  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  33.46 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  32.24 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.85 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  26.8 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.12 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  28.33 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.48 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.73 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  39.35 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  33.04 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  26.21 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  31.2 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  26.92 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 336 aa  102  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  28.85 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.12 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  32.48 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  32.28 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  34.12 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  33.61 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  35.58 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  31.2 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  31.98 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  30.66 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>