More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pisl_1128 on replicon NC_008701
Organism: Pyrobaculum islandicum DSM 4184



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 
328 aa  669    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  87.77 
 
 
331 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  83.23 
 
 
331 aa  579  1e-164  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  82.01 
 
 
333 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  54.38 
 
 
335 aa  375  1e-103  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  50.31 
 
 
338 aa  343  2e-93  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.38 
 
 
338 aa  330  2e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  47.65 
 
 
321 aa  319  3e-86  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.03 
 
 
331 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.48 
 
 
333 aa  287  2e-76  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.93 
 
 
359 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.48 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.17 
 
 
333 aa  285  5e-76  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.03 
 
 
331 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  42.36 
 
 
332 aa  267  2e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.49 
 
 
286 aa  266  5e-70  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  39.46 
 
 
484 aa  244  9.999999999999999e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  40.31 
 
 
503 aa  242  5e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  45.14 
 
 
310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  40.5 
 
 
481 aa  238  6.999999999999999e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  45.52 
 
 
302 aa  235  9e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  38.75 
 
 
475 aa  233  5e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.25 
 
 
251 aa  227  2e-58  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 
322 aa  227  2e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  48.07 
 
 
233 aa  222  7e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.69 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  38.14 
 
 
411 aa  218  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.21 
 
 
295 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  41.09 
 
 
282 aa  211  2e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.66 
 
 
343 aa  207  2e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  38.41 
 
 
304 aa  206  5e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  33.98 
 
 
314 aa  192  9e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  36.3 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  31.34 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  32.16 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 
309 aa  125  9e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 
309 aa  124  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  31.94 
 
 
305 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
304 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  31.06 
 
 
306 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  31.09 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
305 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
305 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  32.47 
 
 
302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 
318 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  31.44 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  27.03 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  30.24 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  31.38 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  32.65 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  30.24 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  26 
 
 
303 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  29.9 
 
 
314 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  26 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  30.24 
 
 
314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  30.8 
 
 
305 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  31.96 
 
 
313 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  30.08 
 
 
309 aa  113  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  32.03 
 
 
303 aa  112  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
318 aa  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  29.93 
 
 
321 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  33.97 
 
 
314 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 
314 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  34.15 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  29.12 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  31.03 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  29.12 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  29.12 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  30.65 
 
 
314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  30.68 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  29.7 
 
 
317 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  29.21 
 
 
314 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 
314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  29.55 
 
 
303 aa  109  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  28.14 
 
 
314 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  30.92 
 
 
315 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  31.96 
 
 
313 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  27.48 
 
 
310 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  30.11 
 
 
328 aa  108  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.86 
 
 
304 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  28.12 
 
 
303 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  33.17 
 
 
314 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  31.02 
 
 
309 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.07 
 
 
308 aa  108  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  28.79 
 
 
304 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  28.79 
 
 
304 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 
314 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  28.32 
 
 
295 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  29.75 
 
 
295 aa  106  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  28.89 
 
 
302 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>