More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_1702 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  100 
 
 
321 aa  655    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  57.14 
 
 
338 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  56.73 
 
 
331 aa  387  1e-106  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  51.41 
 
 
338 aa  351  1e-95  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.8 
 
 
335 aa  328  5.0000000000000004e-89  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  51.11 
 
 
359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.21 
 
 
331 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.36 
 
 
331 aa  325  6e-88  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.52 
 
 
333 aa  325  8.000000000000001e-88  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  51.46 
 
 
332 aa  324  1e-87  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.52 
 
 
333 aa  324  2e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.52 
 
 
333 aa  323  2e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.37 
 
 
333 aa  323  2e-87  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.65 
 
 
328 aa  319  3e-86  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.68 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  48.53 
 
 
481 aa  291  1e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  48.69 
 
 
503 aa  291  1e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  48.21 
 
 
484 aa  290  2e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  47.06 
 
 
475 aa  280  2e-74  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.88 
 
 
286 aa  266  2e-70  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  47.88 
 
 
411 aa  264  1e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  47.75 
 
 
302 aa  262  4.999999999999999e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.6 
 
 
295 aa  261  1e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  46.58 
 
 
322 aa  260  2e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.13 
 
 
304 aa  244  9.999999999999999e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.04 
 
 
343 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  45.2 
 
 
282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.76 
 
 
251 aa  243  3e-63  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.74 
 
 
299 aa  243  3e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  44.25 
 
 
310 aa  239  4e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.02 
 
 
299 aa  239  4e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.07 
 
 
314 aa  238  1e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  47.83 
 
 
233 aa  230  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 
305 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 
304 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  34.7 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  34.03 
 
 
305 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 
304 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  34.23 
 
 
304 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  33.68 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  34.03 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  34.94 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  34.94 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.95 
 
 
302 aa  132  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 
294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  34.33 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  30.25 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  31.29 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.09 
 
 
297 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  29.67 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  31.49 
 
 
300 aa  129  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  33.73 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  32.44 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  29.9 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  28.47 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  31.62 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.51 
 
 
297 aa  126  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  32.44 
 
 
309 aa  126  6e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  32.71 
 
 
303 aa  125  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  29.3 
 
 
294 aa  125  9e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  31.82 
 
 
299 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
310 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  30.23 
 
 
318 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  31.31 
 
 
308 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  33.59 
 
 
307 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  30.74 
 
 
298 aa  122  6e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  28.83 
 
 
317 aa  122  7e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  30.98 
 
 
300 aa  122  8e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  28.71 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  27.8 
 
 
317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  32.95 
 
 
304 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  32.83 
 
 
312 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  35.02 
 
 
314 aa  119  6e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  31.65 
 
 
310 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 
310 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  31.2 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  27.7 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  30.56 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.37 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  31.88 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  31.65 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  34.36 
 
 
312 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  29.61 
 
 
299 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  29.81 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  31.65 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  31.72 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  31.6 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  33.69 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>