More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_1812 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 		 343 aa  678    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  65.18 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  63.52 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  64.13 
 
 		 295 aa  363  3e-99  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  64.22 
 
 		 299 aa  363  3e-99  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.24 
 
 		 286 aa  252  7e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.18 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.04 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 338 aa  230  2e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.4 
 
 		 359 aa  225  1e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  39.87 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  39.87 
 
 		 333 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  39.87 
 
 		 333 aa  219  5e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.14 
 
 		 331 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.29 
 
 		 328 aa  212  7e-54  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.66 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.29 
 
 		 331 aa  211  2e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.74 
 
 		 335 aa  209  8e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.34 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  36.94 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.78 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  42.28 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  40.08 
 
 		 282 aa  187  3e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  41.32 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  33.44 
 
 		 484 aa  173  5e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  32.72 
 
 		 481 aa  171  1e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  33.02 
 
 		 475 aa  166  8e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  31.97 
 
 		 503 aa  162  8.000000000000001e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  36.95 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  36.26 
 
 		 411 aa  152  7e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  36.05 
 
 		 233 aa  143  5e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  30.22 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  30.74 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  28.17 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  31.11 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  31.11 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  30.37 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  30.37 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  30.51 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  30.3 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 		 305 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  31.09 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  30.37 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  31.99 
 
 		 303 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  29.62 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  30.34 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  31.11 
 
 		 293 aa  97.1  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  28.68 
 
 		 307 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  27.38 
 
 		 363 aa  96.7  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  29.58 
 
 		 302 aa  96.3  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  29.33 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  29.06 
 
 		 295 aa  95.9  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  28.89 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  30.28 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 		 241 aa  95.5  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  26.98 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  29.18 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  32.9 
 
 		 249 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  29.52 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  28.02 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  29.54 
 
 		 305 aa  92.8  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  27.86 
 
 		 366 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  28.52 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.14 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  30.88 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  27.63 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  28.42 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  28.74 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  29.07 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  30.74 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  27.74 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  28.1 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  28.1 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  28.1 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  26.94 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  32.34 
 
 		 293 aa  90.5  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  27.96 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  28.47 
 
 		 412 aa  90.5  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  32.34 
 
 		 293 aa  90.5  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  29.87 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  31.6 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  27.57 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  29.37 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  29.54 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  27.6 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  25.8 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  29.51 
 
 		 313 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  25.56 
 
 		 317 aa  89.4  8e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  30.55 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  27.94 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  28.37 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  30.25 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  25.09 
 
 		 283 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>